慈禧出逃的时候，虽有马玉昆带领的一千名官兵护驾，但一路上还是非常艰难的。由于出逃仓皇，食物和衣服都很缺乏，一路上，慈禧和光绪只能睡在土炕上，连个被褥都没有。
戊戌变法对慈禧的冲击太大了，差一点她就变成了囚禁在瀛台的那个人，虽然她在这场权力争夺战中取得了胜利，而且已经把政敌软禁起来。但慈禧仍然感到不安，光绪就像一个影子一样缠着她，万一将来国家出了什么乱子，肯定会有人打着光绪的旗号造反。
一旦有人让最高领导者夜长梦多，他的处境就危险了。
慈禧决定主动出手，先为废掉光绪做好舆论准备。要废掉光绪的话，最好的理由莫过于皇帝身染大病。
光绪二十四年（1898年）四月以后，京城里到处流传皇帝身染重病的小道消息，有人说他患了淋症，有人说他患了腹泻症，还有人说他患了咳嗽症，总之，五花八门，光绪成了各种病症之集大成者。其实，光绪最大的病恐怕还是抑郁症吧！
这些谣言都是从内务府的太医院里传出来的，有鼻子有眼，有人还说光绪之所以患重病是因为吃了张荫桓和康有为送来的药丸。
看到谣言满京城后，慈禧接下来又以光绪的名义发布了一道诏书：“朕最近身体很不适，经过多日诊治还是不见效果，民间如果有通晓医术的神医，各位大臣一定要举荐给朕，越快越好。”
这道诏书的语气非常逼真，很像是光绪亲自下发的。诏书下发之后，慈禧下令全国通缉康有为。康有为已经逃走了，慈禧不是不知道，她此举的目的是将康有为定为叛国罪，同时也给任何有维新思想的人敲警钟，千万不要还有改革的念头，否则严惩不贷。
康有为也听说了国内的形势，他也是个聪明人，知道光绪的处境非常危险，很有可能被慈禧废掉或是杀掉。想到这一层，他也是很心疼的，康有为一度想不开，要跳海自杀，被朋友给拉住了。
普通人可能看不出来，官场上的人一眼就看出，慈禧正在紧锣密鼓地废掉光绪。
慈禧这种做法不仅在国内引起了不满，也让西方列强很愤怒。两江总督刘坤一对此表示反对，认为一旦废掉光绪，必然引起轩然大波，而且光绪皇帝并无大错。湖广总督张之洞的态度也差不多，不过他更老成一点，没有明确表示反对，而且采取了观望态度。上海的一些商人甚至联系海外侨胞，公开致电慈禧，请求慈禧“保护圣躬”。
看到国内的反对声浪很高，慈禧没有贸然采取行动。
更让慈禧没有想到的是，西方列强的反应居然更为剧烈。变法失败后，保守派控制了朝政，列强对此是非常担心的，毕竟以光绪为首的维新派是主张向西方学习的，维新派掌权的话他们的利益才能得到充分的保证。所以，他们很担心慈禧的掌权会威胁到他们的利益，更担心中国会倒退，重新掀起排外的潮流。
列强的担心也不是没有道理的，从后来的义和团运动中就可以看出来。列强最希望的是中国建立一个开明的政府，跟他们的制度有一定的相似性，这样一来，交流才更顺畅一些。
当各国驻京公使听说光绪病重时，第一反应就是不相信，他们强烈要求觐见光绪皇帝。一些外国人甚至担心光绪已经被慈禧秘密处死了，在列强的一再盘问下，慈禧的代言人奕劻只好对各国公使表示：“皇帝依然健在。”
各国公使说：“让我们见见皇帝，我们才相信。我们想请一名洋医生为皇帝看病，如果确实如你们所说，我们就信了。”
慈禧明确表示拒绝，心想这是我爱新觉罗的家事，轮不到你们这些洋人来插手。
列强也不是好惹的，他们首先在报纸上发表文章，攻击慈禧、赞扬光绪，还把军舰开进中国海域举行示威巡游。
慈禧看到群情沸腾，终于做出了让步，允许洋医生进宫为光绪诊治。
为光绪会诊的是一个叫多德福的法国医生，多德福诊治的结果是光绪虽然身体不太好，肾脏有病，但总的来说没有大碍。多德福还为光绪提出了治疗方案，多德福自信地说，按照我的方子去调养，光绪皇帝很快就会痊愈。
多德福的会诊戳穿了慈禧的谎言，在国内外的压力之下，慈禧只好放弃废掉光绪的阴谋。不过她并不死心，一计不成又生一计。
荣禄跟慈禧走得近，深知慈禧的心思，但荣禄并不赞同慈禧，他也不希望废掉光绪。袁世凯曾经恳请荣禄一定要保全光绪，就荣禄的本心来说，他也不希望光绪受伤，这个皇帝已经非常可怜了，而且确实是一心为国，这样一个皇帝如果还要废掉或是处死，荣禄觉得天理难容。
荣禄不知道该如何劝说慈禧，便请教李鸿章，李鸿章的看法跟他也是一样的，李鸿章说：“太后有这个意思我也知道，但此事万万不可。如果阁下配合太后做出这样的事情，就是大逆不道，你想想看，此事一旦发生，各国公使首先抗议，各省的封疆大臣也会集体不满。一个不小心，就可能激起兵祸啊！再说了，太后跟皇上是母子的关系，这天伦之情在这儿，有什么过不去的坎，你一定要好好劝说太后。”
荣禄说道：“我会尽力的。”
随后，荣禄找到慈禧：“听说太后想废掉皇上，有这事吗？”
慈禧冷漠地说：“无中生有，从来就没有这事。”
荣禄：“没有就最好了，太后应该知道兹事体大，牵一发而动全身。”
慈禧：“但是皇上越来越不听话了，这个你也看到了。”
荣禄：“皇上不可以废，但如果太后想安心一点的话，不妨为皇上选立一个太子，皇上无子，可以在宗族中挑选一个。”
慈禧沉默良久，说道：“你说的未尝没有道理。”
慈禧经过反复考量，最后选定端郡王载漪的儿子溥儁为大阿哥。慈禧本来是很讨厌端郡王的，在宗室中，让慈禧喜欢的就没几个。但是载漪对慈禧是有“隐功”的，在辛酉政变中他出力不少，戊戌变法中他又主动向太后告密，慈禧立他的儿子也算是一种回报吧！慈禧虽然是个权谋女人，但基本上还是有恩报恩有仇报仇的。她善于记仇也善于记恩。
当时溥儁十四岁，还没有成年，立他的话肯定好控制。慈禧带着军机大臣，把自己的想法告诉光绪：“你觉得怎么样呢？”
光绪胆战心惊地回答：“我没有任何意见。”
慈禧：“那这事就这么定了。”
立太子在历朝历代都是非常正常的事情，但是到了清朝就不太正常了，自从雍正设立了秘密建储的制度，其后再也没有皇帝公开立储。慈禧公然违反祖制，其用意非常明显，就是要限制光绪，一步步解除光绪对自己的威胁。
此时，光绪表面上还是帝国的首脑，实际地位形同政治犯。他没有实际权力了，但影响力还是有的，在许多朝中重臣的眼中，光绪是一个比较贤明的皇帝。就连在政治上倾向于支持慈禧的李鸿章、张之洞、刘坤一等人都认为光绪是个不错的皇帝，缺点就是性格懦弱了一点。翁同龢是光绪的帝师，在他心目中，光绪的仁义在皇帝中是比较少有的。
慈禧册立大阿哥的消息在国内传开后，还是引起了轩然大波，上海这个地方反响是最为剧烈的。因为上海是当时中国经济非常发达的一个地方，工商业比较繁荣，在光绪的维新理念中，有很大程度反映的是资产阶级的利益诉求。
上海商会一千多人联名反对慈禧册立大阿哥，紧接着全国各地的商人纷纷反对，就连国外的华侨也没有置身事外。
工商业人士的反对是软弱无力的，慈禧拿出了统治者基本的手段——镇压，逮捕几十个人自然能压下反对声浪。为了取得各国对自己的支持，慈禧也做出了一些改变，一改往日不接见外国人的姿态，在宫里大肆宴请各国公使，还送给他们许多贵重的礼物。
各国公使虽然接受了她的礼物，但是对她的做法仍然多有微词。慈禧由此而生恨，心想这些外国人全是一群不识好歹的东西，从此，她对洋人就再也没有过好感。
大阿哥溥儁是个比较弱智的孩子，不喜欢读书，对治国更是毫无兴趣，最喜欢的事情是跟太监们打水漂。溥儁有时还羞辱光绪，光绪会一些英文，他骂光绪是鬼子徒弟。慈禧虽然囚禁了光绪，但是也绝不允许这种无法无天的事情发生，当她知道后，让人抽了溥儁二十鞭子。
由于溥儁太胡闹，再加上不少封疆大臣比较看好光绪，慈禧最后还是废掉了这个不学无术的大阿哥。
多年来，洋人一直跟慈禧作对，我们就不说列强屡屡欺负清朝了，就说最近发生的事情。她想废掉光绪，列强百般阻挠，她想缉拿康有为，英国人把康有为藏起来。当慈禧听说康有为在英国人的帮助下偷渡成功，愤怒地说：“这些洋人真可恶，总有一天我要报仇。”
不光慈禧反感洋人，民间也在酝酿着一股汹涌的排外潮流。这就是义和拳，义和拳对洋人的厌恶已经到了疯狂的地步。义和拳是一个民间暴力组织，慈禧不敢公开对洋人动武，义和拳对洋人的暴力行为无疑让她觉得很爽。
义和拳是由白莲教演化而来的，在山东和直隶一代活动，这个秘密团体最早的宗旨是反清复明。等后来洋人涌入中国后，他们又改弦更张，打出赶走洋人的旗号。
义和拳以仇杀洋人和教民为乐事，通常，他们用的武器都非常简陋和原始，也就是一些传统的冷兵器，所以义和拳又俗称大刀会。义和拳许多头领自称有神功护体，刀枪不入。这个组织在很多人眼里是非常神秘的，他们习惯用红头巾扎头，穿着红兜肚，腿扎红带子，手裹红布，衣服里随手一抓就是各种各样的符咒。
曹州教案就是义和拳搞出来的，那时山东巡抚还是李秉衡。李秉衡跟慈禧一样，对洋人非常痛恨，所以对义和拳多有纵容。曹州教案发生后，德国人出兵胶州湾，再次掀起瓜分中国的狂潮。李秉衡因为办事不力被革职，暂且接替他的是张汝梅。
张汝梅只是署理山东巡抚，1899年，正式的山东巡抚毓贤到任。毓贤比李秉衡还过分，他既是一个酷吏，又是一个对洋人极为仇视的老顽固。毓贤来了以后，非但没有镇压义和拳，反而把义和拳招安，将他们改造成半官方的组织：义和团。
这样一来，义和团就成了毓贤领导下的“黑社会”，毓贤暗地里指使他们抢劫天主教堂，杀害外国神甫。
这里还得说说袁世凯，其时，袁世凯俨然成为了帝国新升的一颗政治明星。袁世凯跟外国人打过交道，曹州教案发生后，他就感到大事不妙。袁世凯第一时间给当时的代理巡抚张汝梅发电报，让他在山东一些重要的军事要塞驻兵，防止德军入侵。但张汝梅没有任何反应。
后来，德军果然占领了胶州湾，还不断向日照、沂州等地增兵。
袁世凯一再上书，请求朝廷向山东增兵。袁世凯的意见终于引起了朝廷的重视，荣禄命袁世凯和聂士成带领新军向山东进发。
袁世凯自从回国后，一直在练兵，现在终于可以试试手中的刀有多锋利，这对他来说是兴奋的。出发之前，袁世凯给徐世昌写了一封信，信中说：“这次去山东，我心里怦怦乱跳，想到马上就可以开仗，我无法掩饰自己的兴奋，不知道能不能如愿。”
但朝廷的意思很明显，不希望发生战争，只是想通过军事威胁迫使德军让步。袁世凯进入山东后，让毓贤很不爽，心想山东是我的地盘，用不着你袁世凯来插一脚。所以，毓贤处处跟袁世凯作对。
毓贤安排了大量的眼线监视袁世凯，最后整理了袁世凯许多“罪证”，一并寄给朝廷。袁世凯也不是怂人，心想你毓贤要跟我对着干，我就奉陪到底。也让人搜集山东百姓对毓贤的不满，然后打包寄给朝廷。
朝廷的态度非常暧昧，居然两个都没得罪。根据朝廷的意思，袁世凯圆满完成任务，可以带兵回天津了。袁世凯傻眼了，不知朝廷为何做出这种安排，自己兴致冲冲地过来，难道要一枪未发地回去？
回到天津后，袁世凯还时时想不通，接连给慈禧上了两道奏折，袁世凯不无激动地说：“德国人分明是借着曹州教案事件侵占我国领土，他们有恃无恐地出兵胶州湾和日照等地，就因为我们国防太脆弱了。我们大清虽然军队庞大，但大多是没有经过现代化军事训练的旧式士兵，所以现在最要紧的是练兵。”
慈禧觉得袁世凯的话也不是完全没有道理，便让他提出详细的练兵方案。袁世凯立即将自己的方案呈上，慈禧看后觉得确实不错。
慈禧还没来得及批准袁世凯的练兵方案，毓贤在山东又搞出事来了，他居然让义和团打出“扶清灭洋”的旗帜。德国人很愤怒，你们那些刀枪棍棒也想灭洋，不管了，赶快修一条从青岛到济南的铁路，这条铁路一通，德军就可以在最短的时间内调兵到山东各地。
德国在山东搞这么大的动作，其他列强口水啪嗒啪嗒地流。首先对清廷开口的是意大利，意大利彬彬有礼地请求清廷把三门湾让给意大利。李鸿章说：“你们找错了地方了，这里没门。”
意大利心想你们要来硬的，我们就派军舰过来。在这种情况下，慈禧不得不让袁世凯带兵进入山东。慈禧革掉毓贤后，让袁世凯接任山东巡抚。
袁世凯是晚清一个非常厉害的角色，真正的实力派。
他到山东后，面临两个问题：一、弹压义和团；二、和洋人周旋，稳住洋人。
袁世凯很早就听说过义和拳，在他眼里这些人不过是一群怪力乱神的乌合之众，对义和团的那些装神弄鬼的把戏他根本不屑一顾。但他很清楚，如果任由这股邪火发展，将来有可能烧毁大清国。
1900年1月，袁世凯给慈禧上了一道奏折，他说义和团虽然打出了“扶清灭洋”的口号，但他们终究是一群乌合之众，不可能灭得了洋人，所以清廷千万不要把希望寄托在他们身上；如果纵容义和团的话，反而会授洋人以柄，义和团盲目排外的情绪对于国家大局的稳定没有半点好处。所以，袁世凯坚决主张对义和团采取弹压政策。
袁世凯对义和团采取两手政策，剿抚并用。刚到任时，许多义和团的头领不清楚袁世凯的态度，以为他会跟前几任一样支持义和团，所以这些首领相约去拜访袁世凯。
袁世凯很客气地宴请了这些首领们，酒席上，这些首领们吹嘘自己法力无边，刀枪不入。袁世凯不动声色地听着，不时地点头，等到首领们吹得差不多的时候，袁世凯说道：“既然各位神通广大，袁某倒想见识一下。”
说完，袁世凯击掌三下，一群士兵端着枪走了进来。
袁世凯面不改色地说：“现在各位可以表演了。”
首领们傻眼了，袁世凯不等他们犹豫，下令：“开枪射击。”
一排枪声，这些自诩神通广大的首领全都应声倒地。由此可见，袁世凯是一个铁血人物，习惯不动声色地快刀斩乱麻。
事后，袁世凯立即命人在全省张贴告示，宣布义和团为非法组织，朝廷要予以取缔，如有违抗命令者，杀无赦。在袁世凯的铁腕统治下，义和团很快就在山东待不下去了。
尽管袁世凯处理事情很果断，也很给力，并且也确实安抚了洋人。但朝中对他不满的大有人在，朝中有许多人是同情义和团的，包括慈禧在内。
山东的义和团很快就转移到直隶境内，在直隶境内，义和团运动再次达到高潮。袁世凯得知后，立即上奏请求慈禧让直隶总督裕禄和自己夹击义和团。慈禧没有表态，她自始至终采取睁一只眼闭一只眼的态度，而且还对义和团那些神神鬼鬼的把戏挺入迷的。京城里，许多王公贵族对义和团兴趣浓厚，尤其是端郡王载漪还盼星星盼月亮盼望义和团进京。
裕禄善于揣摩慈禧的意思，义和团进入直隶后，他不但没有剿匪，反而拜义和团的首领为大哥。义和团还在直隶总督的衙门设立祭坛，祭拜关公，将整个衙门搞得乌烟瘴气。
得到官方势力的庇护，义和团更加有恃无恐，肆无忌惮地烧杀劫掠，洋人和教民们死的死逃的逃。
慈禧为什么这么纵容义和团呢？除了讨厌洋人外，还有一个重要的原因。慈禧非常喜欢听戏，对戏曲中那些神奇古怪的法术非常迷信。现在义和团上演的是一曲真实的戏剧，义和团所宣传的那些神怪东西能够满足慈禧内心深处的某种神秘渴望。
看到义和团的火势向京城蔓延，洋人非常担心。各国纷纷派出卫队保护使馆，就在义和团向京城进发的时候，洋人的军队也开向了京城。洋人的军队由英、法、美、俄、德、意、日、奥八国组成，共计两千余人，由英国海军中将西摩尔指挥。
就在此时，京城高层也发生了人事调动，极端排外的端郡王载漪进入总理衙门。从人事调动中我们可以看出慈禧的态度，她对洋人的仇视已经到了匪夷所思的地步。
1900年6月10日，义和团浩浩汤汤地逼近北京，北京城有十万守兵，城门紧闭，团民们在城下高呼：“开门开门……”
在没有接到慈禧的命令前，没有人敢开门的。
守城的士兵严阵以待，准备对这些团民开枪，就在双方箭在弦上的时候，九门提督忽然接到谕旨：开城放人。谕旨还说这些人都是“爱国志士”，对“爱国志士”没有不欢迎的道理。
义和团就这样大摇大摆地进入紫禁城，不到十天的时间里，义和团的部众已经发展到十几万人。说实话，这些团民在山东受到袁世凯的镇压，早就憋了一肚子火，如今进了紫禁城，上有太后的支持，下有百姓的呼声，若不好好发泄一番就太亏了。
乱民们再也没有顾忌，京城似乎退回到李自成当年进京的时候，一片骚乱，一片狼藉，洋人和教民像野狗一样被团民追着赶，教堂被焚毁。清兵乐呵呵地看着这一切，因为上头有令，不要干涉义和团。
没多久，京城家家户户都在筑坛念经，宫廷里也不例外，慈禧在天坛上筑坛念经。
眼看京城越来越乱，慈禧似乎也不想管了。自义和团进京后，端郡王载漪就跟义和团的首领勾结，他想借义和团之手诛杀“一龙二虎”，一龙是指光绪，二虎分别是李鸿章和奕劻。几十名团民冲进瀛台，想对光绪不利。慈禧听后非常愤怒，我容许你们胡来，你们还敢干涉我的内政，吃饱了撑着。
慈禧处决了二十名团民，才把这起风波压了下去。
连日来，京城的经济和社会生活几乎陷入瘫痪状态，四千多家商铺被烧成灰烬，交易系统全部停止。
这是一场浩劫。京城里有许多基督教信徒，从义和团进京开始，教民的末日就来临了。义和团将教民抓捕起来，然后实行集体大屠杀。
这一年是庚子年，这一年的动乱又叫庚子之乱。很多的外国人死于这场动乱，其中有一个叫杉山彬的日本人死得最惨，他死后被肢解，五脏六腑还被拿去喂狗。
后来，慈禧听说八国联军开往京城，也非常生气，紧急召开会议，任命刚毅、载勋、载漪等人为统帅，带领清军和义和团抗击八国联军。
美国忽然撤回自己的军队，他们还不想和中国闹翻。6月17日，七国联军攻陷大沽炮台。
6月20日，德国公使克林德被杀害，首级在东安门示众。
反正已经跟列强撕破脸，慈禧决定对列强宣战。6月21日，慈禧同时对英、美、法、德、日、意、俄、西、荷、奥匈等十一国宣战。
慈禧此时已近于丧心病狂的状态，她确实也是被逼急了，长期被列强欺负，找不到出路，干脆豁出去，来个鱼死网破。
看到京城发生动乱，八国联军入侵北京，袁世凯既担心，又有些快意。
大沽炮台失守的那天，袁世凯就接到带兵勤王的命令。袁世凯早就对慈禧纵容义和团不满，现在要他勤王说什么也不会答应，何况他好不容易训练出来的新兵，如果一下子全葬送了，以后还怎么混？
袁世凯不愿出兵，但也不好直接违抗命令，只好派出一小股部队，然后对慈禧解释说自己派出的人数虽少，但全部都是精兵，山东这边形势也非常危急，如果倾巢北上的话，山东很有可能全部沦陷。
袁世凯是个非常善变的人，以前他是高调剿匪，但现在慈禧收编了义和团，袁又宣称义和团是合法的，山东境内的义和团必须全部北上，帮助朝廷打鬼子，如果胆敢不去，就说明是冒牌的义和团，凡是冒牌的一律赶尽杀绝。
八国联军跟义和团的德行是一样的，他们看到战争不断升级，也不断增派部队，到最后联军人数发展到三万人。7月9日，太原总兵聂士成阵亡。7月14日，天津沦陷，直隶总督裕禄自杀。7月17日，八国联军从天津开往北京，沿途抵抗的清军和义和团有十五万人，但这些人不堪一击。
8月13日，八国联军向北京发动了进攻。两天后，慈禧吓怕了，带着光绪皇帝等人仓皇逃离紫禁城，这就是所谓的庚子西狩。
8月16日，八国联军占领了北京城。八国联军进城后，又开始了一场浩劫，这些军人把对慈禧的怨恨全发泄在北京城里的百姓身上。
德国高层给德军下了一道命令：在战斗中，只要碰到中国人，不论男女老幼，一律格杀勿论。
日军则更为变态，喜欢折磨人，喜欢做一些变态的实验，他们拿北京人民做实验，看看一颗子弹能穿过多少人。
法国军队也很残忍，他们遇上了一群中国人，然后把这些人逼到一个死胡同里，最后开枪射击，一个不留。
女人就更可怜了，许多女人被轮奸致死。一些官员为了防止家人被辱，带着全家人投井自杀，同治的岳父崇绮的妻子和女儿被押到天坛，她们回来后，崇绮带着全家人自杀。
与此同时，俄国出动十七万大军侵占东北，中国面临着亡国灭种的危险。
慈禧出逃的时候，虽有马玉昆带领的一千名官兵护驾，但一路上还是非常艰难的。由于出逃仓皇，食物和衣服都很缺乏，一路上，慈禧和光绪只能睡在土炕上，连个被褥都没有。
慈禧到达北京西北的怀来县后，县令吴永负责接驾，情况才稍有好转，但战争年代，珍馐佳肴是没有的。县令给慈禧等人呈上了小米粥和鸡蛋，慈禧等人狼吞虎咽，仿佛这是天下最好吃的美食。
休息好了之后，慈禧继续西逃。在逃亡的过程中，慈禧收到列强的通牒，在列强的压力之下，她不得不严惩主战的大臣，下旨让载勋自尽，毓贤就地正法，载漪和载澜发配新疆。同时，慈禧还把一切责任推到义和团身上，说这些乱民是罪魁祸首，一定会派人征剿的。
其实，慈禧终究是一个女人，洋人让她流亡，她何尝不恨得咬牙切齿，慈禧原本下令各地不惜一切抵抗洋人。这时候，李鸿章站出来了，他全力阻止慈禧这种玩火自焚的行为，李鸿章认为现在最要紧的是跟列强谈判。李鸿章代表东南十几个省跟列强签订了互不侵犯条约，这一事件就是所谓的“东南互保”。
事实上，八国联军攻陷北京后，继续向直隶进军。当时袁世凯在山东，心知情况危急，便联系德国公使，跟对方交换意见后，知道他们不会侵略山东，心里的石头也算落地了。
当然，袁世凯对洋人并不是很信任，所以他让人连夜赶制大量石碑，上面刻着山东某村某县的字样，再将这些石碑矗立在山东和直隶的交界处。这一招确实管用，八国联军看到界碑，知道这是袁世凯管辖的地区，也就绕道而行。
稳定洋人后，袁世凯开始为自己的命运担心。慈禧让他勤王，他一再敷衍，性好猜疑心狠手辣的慈禧一定不会放过自己，怎么办呢？
袁世凯知道慈禧是个有恩报恩、有仇报仇的女人，现在正是慈禧落难的时候，如果在这个时候给她一些帮助，或许她能不计前嫌。于是，袁世凯让人四处打听慈禧的行踪，当他听说慈禧等人像丧家犬一样逃到太原时，立即让人给慈禧送去大量的银子、衣物和美食。袁世凯这招还真管用，看到袁世凯送来的东西，慈禧的不满瞬间烟消云散。
在太原待了几天，慈禧又继续西逃，10月26日到达西安。
到了西安后，生活总算是稳定下来，慈禧又开始过起了奢靡的生活。虽然生命安全得到了保障，但慈禧还是非常担心，她怕各国公使会将自己列为头号战犯，一再催促李鸿章进行谈判，要确保列强不要把愤怒的矛头指向自己。慈禧还向列强道歉，说中国的这次动乱事发突然，自己完全没有料到，得罪了你们这些友邦，实在很抱歉。
李鸿章和奕劻与十一国公使开始了谈判，终于确定了一份《议和大纲》。当李鸿章派人将《议和大纲》送到西安后，慈禧看自己并没有被列为头号战犯，列强还允许她保留自己的位置时，已经高兴得昏过了头。她立即给李鸿章回电：所有条款，立即允准。
李鸿章原本已退居幕后，八国联军攻入北京后，慈禧再次起用他，让他担任直隶总督兼北洋大臣，代表清廷与列强谈判。所以说，李鸿章是一个非常可悲的人，别人搞出事来，总让他去收拾烂摊子，结果必然是做卖国贼背黑锅。
也就是在这个时候，许多有识之士恳请李鸿章就任中国大总统，支持者不乏像张之洞、刘坤一这样的实力派。李鸿章也不是没考虑过，但是他始终还是一个传统的士大夫，始终不敢挑起大梁。
接下来，李鸿章与列强签订了《辛丑条约》，这个条约是非常不平等的，中国要赔偿十亿两白银，据说李鸿章签字的时候当场吐血。
《辛丑条约》签订后，只有慈禧一个人是高兴的，全国人民都陷入了巨大的悲痛中，都在骂李鸿章是卖国贼。
不久，李鸿章就在悲愤中离开人世，临死前李鸿章反复念叨着：“毓贤误国。”
据说李鸿章临死前，给慈禧和光绪上了一道奏折，在奏折中他给慈禧推荐了自己的接班人，李鸿章说：“环顾宇内人才，无出袁世凯右者。”
慈禧接受了李鸿章的意见，让袁世凯担任署理直隶总督兼北洋大臣。此时，袁世凯俨然成为大清国的脊梁柱。在当时的中国，只有两个人是真正的实力派，一个是张之洞，另外一个就是袁世凯了。张之洞把湖南、湖北经营得不错，给自己的军队自强军装备了德国新式武器；袁世凯的新军比张之洞的军队更强，不仅配备了新式武器，还接受了严格的西式训练。
1901年10月，慈禧决定返回京城。到达直隶境内时，袁世凯听说慈禧进入直隶，立即准备了盛大的欢迎仪式。他将保定的行宫布置得极为奢华，慈禧离开直隶的时候，袁世凯为她准备了当时中国最豪华的专列，慈禧和光绪各用一节车厢，车厢内用豪华黄缎铺饰，慈禧用的瓷器和杯盘都是精心制作的。
就这样，袁世凯让慈禧无限风光地坐上了驶往北京的列车，慈禧很高兴，回到北京后赏给袁世凯一件黄马褂，允许他在紫禁城里骑马。
慈禧回京后，表示对义和团绝不姑息，袁世凯奉命征剿义和团，义和团大股势力基本被扑灭。后来，一个叫景延宾的人收拢义和团的残余势力，又打出“扫清灭洋”的口号，将清政府和洋人都当成敌人。袁世凯命令段祺瑞搜捕景延宾，一个月后，景延宾领导的义和团被扑灭，景延宾本人被凌迟处死。
袁世凯办事确实很利索，慈禧很满意，1902年6月，正式授予袁世凯为直隶总督兼北洋大臣。
经过这次劫难，慈禧也知道必须推行新政了，她让奕劻、刘坤一、袁世凯等人推行新政。新政的内容包括整顿吏治、改革官制、改定刑律、兴办学校、派遣留学生、成立警局、奖励实业、军队改革等等。