众人决定杀端方兄弟，冲入行辕，将端方兄弟拉到天后宫门前。这时，端方向大家哀告说：“我们都是同胞，素相亲爱。若要关饷，自流井四十万银子马上可到。今天饶兄弟一命，将来对各位与国家定有相当办法。”
1911年11月27日，资州城还笼罩在黎明前的黑暗当中，端方的行辕中已是一片喧哗；这位省部级高官如今还兼着鄂军的前敌总指挥，却被自己麾下的官兵从被窝中拖了出来，推到侧屋，说是要借他的房间开个会。
士兵们在房间里翻箱倒柜，却怎么也找不到他们需要的东西——银子。他们十分愤怒，举枪便要杀端方。此时，鄂军三十一标标统（团长）曾广大出面制止，说：“端某非诳人者，彼欲行即听其行，何必杀，如赞成者举手。”官兵们表决，举手者极少数，多数赞同杀了端方。
曾广大还要再劝，士兵们已经躁动，说曾广大“有异志，当先杀之”。无奈之下，曾广大大哭而出，到侧屋见端方：“曾某不能保护，罪万死，然迫于众，实无可解免矣。”
士兵们赶过来，举枪要发。曾广大又劝阻道：“此中尚有汉同胞无数，若满人不过端兄弟二人耳，何为玉石不分耶！”估计当时还有警卫、侍役等陪在端方身边。
众人于是将端方带到行馆大门边的一个小屋内，乱刀砍死。端方的弟弟端锦也在军中，被绑了来。他大声痛骂，不肯下跪，也被乱刀砍死。
士兵们将两人的首级砍下。曾广大准备殓尸，被士兵们阻止：“是将函至武昌者，不得殓也。”他们找来了一个能密封的木桶，盛满了煤油，将端方的首级浸泡其中，派人飞马送往武昌。
电文“母病故”
端方之死，是四川保路运动乃至整个辛亥革命的一个新高潮。端方也成为在辛亥革命中少数被杀的政府高官中的第一人。
士兵们杀害端方的理由很简单，为了钱。当时，四川全省局势糜烂，而部队的根据地武昌也已发生暴动，端方的部队被阻在资州进退两难，军饷无继，军心不稳。端方通过多方努力，从成都的银行中借到了4万两，并且张榜公布，军心才稍微安定。但左等右等，银子还是没送来，失去耐心的士兵们发生骚动，于是端方被杀。而就在端方首级被送往武昌当投名状的第二天，4万两银子就到达了军中。
这一图财害命的版本，记录得最为详细的就是“梁溪坐观老人”张祖翼的《清代野记》，此外，包括上海《字林西报》（North China Daily News）等国内中英文媒体，以及美国《纽约时报》（Te New York Times）等国际媒体都纷纷采信此种解释，并感慨于一代改革者死于贪财的军士之手。
当然，在有些史家的眼中，故事的发生是另外一种版本，只涉及革命意识的坚定性，而无关金钱与利益。根据“辛亥首义同志会”主编的《辛亥首义史迹》（1946年版）的描述，那位“革命意识十分薄弱”的团长曾广大其实是“富有革命理想的，所以一般官长士兵（此处一串人名，略）都与领导革命的（此处一串人名，略）声气相通”。
这些人积极准备在武昌暴动，没想到四川保路运动发展迅猛，政府便下令端方带领鄂军开赴四川，进行剿抚，这令军中密谋者们措手不及，于是就相约分头起事：武昌暴动如果失败，则给前线发电“母病愈”；如果成功有望，就发电“母病危”；而如果完全得手，电文就是“母病故”。显然，他们都希望得到“母病故”的消息。
军队随着端方到了夔州（万县），听到了武昌暴动的消息，开始抗命不前。端方是大做思想政治工作，“许每人发银质奖牌一面，五品军功札子（委任状）一件”，加上圣旨嘉奖。但众人不为所动，到达重庆后商议起事时机，认为大军尚未集结，再隐忍一段时间。等到了资州，大军云集，而武昌暴动的消息早已传得沸沸扬扬，却一直没收到“母病故”的电报，于是他们认为一定是端方截留了电报。其实，此时电讯中断，连端方本人也很难收到电报。
辛亥革命汉口保卫战中的革命军士兵。
众人一合计，下决心动手，否则进入四川后，“川省同志不明真相，恐起反抗”，“必须杀掉端方，响应武汉，以明心迹”。也就是说，端方的脑袋成为了“以明心迹”的工具。
元戎惨死
端方此时似乎也嗅到了危险，与下级军官们结拜，说自己本是汉人，姓陶，原籍浙江，先人在清军入关时入了旗籍。
众人开会商量出路，提出了三种方案：一是“曾广大率本部出川，北经陕甘至蒙古独立，扼清廷之背”；二是“星夜赶进成都独立，通电响应武昌”；三是“克日返师援鄂，巩固首义根据地”。大家投票表决，大多数愿意回武昌。
于是，众人决定杀端方兄弟，冲入行辕，将端方兄弟拉到天后宫门前。这时，端方向大家哀告说：“我们都是同胞，素相亲爱，若要关饷，自流井四十万银子马上可到。今天饶兄弟一命，将来对各位与国家定有相当办法。”
同志们的答复是：“你今天遭此劫者，是你先人种下的祸根。你先人当清朝入关，投入旗籍，献媚敌人，残害同胞，无非想子子孙孙永做大官，你今天受报是天理循环。当年扬州、嘉定的屠杀，及剃发、文字狱等摧残同胞的毒辣手段，无所不用其极。一个读书人误写一个字，轻则坐牢，重则被杀；一个老百姓不愿剃头，就格杀勿论。这笔血债，现在是偿还的时候了。你待我们的私感固不错，但是公仇不能不报。”
此时，端方只喊着：“福田（福田是曾广大的字）救我！福田救我！”寒光一闪，头已经落地了。
无论是帝国主义者的记载，还是革命者的记载，有一点是共同的，那就是端方待下甚宽，他的被杀绝非出于苛刻暴虐。随同其入川的一位士兵回忆：“端方为稳定军心，极力笼络部下。有的士兵生病了，端方派其弟到军营问候；有的士兵亡故了，端方修书哀悼；沿途官民送吃送喝劳军，端方做出先尝毒的姿态；甚至有的士兵受不了跋涉之苦，端方竟然下令雇轿抬着他。”关于端方之死的不同记载，关键的区别在于杀人者的动机：为军饷而泄愤，还是为革命而大义灭亲？这也是一个历史谜团，但同样可以肯定的是，“帝国主义者”们为端方之死的惋惜慨叹，肯定不是为了勾结“封建主义”的需要。一年后，国学大师王国维写下《蜀道难》的长篇悼诗，内有“朝趋武账呼元戎，暮叩辕门诟索虏”，为叵测的人心而叹息。
戴鸿慈、端方在美国考察宪政（1905年）。
辛亥革命中罕有清廷高官被杀，“瑞澂辈误国殃民，罪魁祸首，竟逃显戮”，一个个平安着陆。时人感慨“独端方不保首领，岂天之欲成其名耶”。其实，革命党早欲除去端方，因其能力与号召力，如“使其久督畿辅，则革命事业不得成矣”。章太炎就曾直言不讳：满人“愈材则忌汉之心愈深，愈智则制汉之术愈狡”，因此“但愿满人多桀纣，不愿见尧舜。满洲果有圣人，革命难矣”。在壮烈的革命恐怖行动之中，被列入暗杀对象的都非贪腐而民愤极大者，却是有能力乃至有操守的官员。根据革命的逻辑，桀纣是同盟者，而尧舜则是敌人，一切都以是否能帮助自己登堂入室、猎取政权为标准。
改革先锋
终年51岁的端方，曾经是八旗中的一颗政治明星。
端方当然不是什么陶姓汉人，而是根正苗红的旗人，并出身于科举正道，名列“旗下三才子”之一，所谓“大荣、小那、端老四”，都是上级着力培养的干部。“大荣”即荣庆，曾因建议先反腐败再政改而被后世列入保守派；“小那”就是与庆亲王合称“庆那公司”的著名腐败分子，皇族内阁协理大臣那桐；“端老四”就是端方，他在家排行老四。自1882年出道之后，端方进步神速，只用了十多年的时间，就从一名普通的机关干部成长为国家高级领导，历任直隶霸昌道、陕西布政使、河南布政使、湖北巡抚、闽浙总督、两江总督、直隶总督等职。
戊戌变法时，还只是厅局级干部（道员）的端方被赏加三品卿衔，主持新设立的农工商总局的工作，参与改革实践。戊戌政变后，端方继续受到重用，担任了陕西布政使，并代理巡抚。闹义和团期间，端方表现出了难得的政治清醒，在他的强力维持下，陕西境内民教和谐、中外相安，没有出现大规模的动乱，这也是八国联军入侵后慈禧太后和光绪皇帝选择逃难到西安的基本因素。端方在湖北巡抚任上，与湖广总督张之洞并不十分和谐，端方的改革步骤、力度远超出张之洞，甚至在政治上表现得十分自由化，包括顶着张的压力资助湖北的留日学生办报。当然，因为他的旗人身份，没人会质疑他的政治动机。当他在两江担任总督时，“设学堂，办警察，造兵舰，练陆军，定长江巡缉章程，声闻益著”。
端方在朝野的口碑都不错，“尤有政治才，在满人中亦不多见”，“为近时之贤督抚”（严复语）。当时的留学生，包括那些倾向于排满革命的人士，也与他保持着相当不错的私交。在他的幕府中，人才荟萃，既包括刘师培这样的无政府主义者，也包括蔡锷这样的革命党人。
端方最为主要的履历，是1905年～1906年与戴鸿慈、载泽等带团出访欧美十国，历时8个月，考察政治。回国之后，端方等总结考察成果，上《请定国是以安大计折》，力主推行政治体制改革。他们编纂的《欧美政治要义》成为中国立宪运动的奠基之作。早在出国考察前，端方就是少数坚定地要求进行政治体制改革的旗籍官员。尤其是1905年的日俄战争，“立宪”日本战胜“专制”俄国后，在中俄这两个世界上最大的专制国家内同时爆发出了政治体制改革的呼声。据说，端方在拜见慈禧时，太后说：“新政都在施行，朝廷该办的都办了吧？”端方回答道：“还有一事，尚未立宪。”慈禧问：“立宪又能如何？”端方说：“朝廷如行立宪，则皇上可世袭罔替！”这令慈禧动容沉思良久。
端方深刻地指出，立宪与专制有优劣之分，而君主与共和则只有形式之分。如果宪法受到尊重，君、官、民都只是同一规则下的游戏参与者；而如果宪法不受尊重，任何人都可能成为国家的破坏者。“设立政府所以谋公共利益，保全国民之治安兴盛利乐，非为一人一家或一种人之幸福尊荣私利也。”
1909年6月28日，端方被任命为直隶总督，引起了世界的关注。美国各大报纸纷纷报道，《华盛顿邮报》（Te Washington Post）的题目就是“塔夫脱（总统）观察中国，从端方的任命看到伟大的商贸开放”，认为端方出任直隶总督将极大推动大清国改革的广度和深度。
当国内外都对端方出任直隶总督而给予热望时，端方却在半年内因严重违纪而被革职。
1909年11月20日，李鸿章之孙、农工商部左丞李国杰弹劾端方，理由是其在慈禧太后葬礼上“大不敬”，证据有三：葬礼中沿途派人照相；迁奠礼上焚化冠服时，端方的大轿从侧旁“横冲神路”；于风水墙内借行树为电杆（其实是为了照明）。根据曹汝霖的回忆，李国杰参加典礼后，与农工商部郎中冒广生谈及，冒广生说：“此属大不敬，你为御前大臣，敢弹劾吗？”李国杰经他一激，即说：“为何不敢？”遂由冒广生草奏，由李国杰参劾。
奏折一上，摄政王批示交部严议，而三天后，居然以“恣意任性，不知大体”为由革除端方职务，另调湖广总督陈夔龙出任直隶总督。
据曹汝霖记载，“伟侯（李国杰）公子好出风头，鹤亭（冒广生）名士喜弄笔墨，而摄政王对于大行皇帝之事特别严重，二人或有揣摩迎合之意亦未可知。余与二人均系熟友，一日我问伟侯，君与午桥（端方）是否有过节。彼笑答，因鹤亭激而出此，想不到午桥竟受到这样的处分，言时有悔意，可见上奏权不应滥用也”。
周善培直指端方是四川动乱的罪魁，莫理循则公开表示端方是“满人中之佼佼者”，“在中国享有广泛的威信”。
端方是满汉平等的首倡者，他的女儿就嫁给了袁世凯的儿子。有人认为端方的下台，是载沣为了清除政治上的异己。其实，作为大清“董事长”的载沣与有可能作为“总经理”的袁世凯本无根本冲突，与袁矛盾很深的其实是铁良等满洲亲贵。载沣当国，年仅26岁，凭借的只是慈禧太后的政治遗嘱。对于端方的“大不敬”，一旦有人举报了还不处理，载沣就很容易引火烧身。而野史表明，真正动怒的其实是隆裕太后，西方的媒体报道也认为端方毁在她的手里。后世有人因此感慨：“清有长城如此，而顾以微瑕黜之，此清之所以亡哉！”
墙倒众人推，不久，御史胡思敬弹劾端方在两江总督任上“贪横”的十条罪状，内阁发交张人骏调查，结论是“尚无罔利行私实情，惟束身不检，用人太滥，难辞疏忽之咎。现在业已革职，即着毋庸置议”。
蜀道之难
端方被革职后，过了两年的寂寞时光。这对一个年富力强又有丰富从政经验，并对国际大势知之甚深的人来说，当然是痛苦的。
铁路国有成为他政治翻身的机会，自被任命为川汉、粤汉铁路督办大臣后，端方就一头扎进了工作。然而，正如盛宣怀、岑春煊一样，这三个人都是久困牢笼的猛虎，放出来后急于建功，一味躁进。盛宣怀、端方先受理路事，大刀阔斧，雷厉风行。这种雷霆手段本是处理此类乱麻般纠葛的不二法门，广东、湖南、湖北迅速见效，却奈何四川地方官员存了私心，阳奉阴违，导致了湿手抓面团，成了僵局。而岑春煊一边倒支持商办的主张，是另一种躁进，只是方向与盛宣怀、端方相反。
原本，端方与盛宣怀一样，都是主张强势贯彻朝廷精神的，但武昌暴动后中央政府底气丧失，而新生的资政院又还在宪政“实习期”，把宪政这辆进口豪华车开得七倒八歪，中央政府居然被压服，拿盛宣怀当了替罪羊，还要求处以极刑。端方也是被攻击的靶子，但他毕竟在外手握雄兵，自然无恙。端方很见机，随风调头，来了个“左满舵”，从坚决要求镇压闹事者变成了坚决要求释放无辜者，而“川乱缘起”也被他改为“实由官民交哄而成”，并弹劾了赵尔丰等四川官员。中央政府下令将被弹劾者革职拿问。
端方一转舵，在第一线的赵尔丰就落了个里外不是人的境地，他随即多次弹劾端方“济乱”、“诡谲反复”。11月2日，赵尔丰上书中央政府，痛斥端方，说川路纷争还在合法、和平范围内进行时，端方不断来电要求采取强硬措施，而等到他将蒲殿俊等抓捕后，端方却又变了脸，主张应该赶紧放人，认为首要一放，乱事就能平息。赵尔丰认为，“事理自有是非，法律期无枉纵，若竟不究虚实，旋拿旋释，不徒有伤政体，抑亦无此办法”。他认为，自己之前不拿“因其无罪而宽之”，随后抓捕“因其罪著而执之”。
11月5日，被端方弹劾而丢官的周善培发表了致端方的公开信，详细阐述了自己对川路风波的分析。周善培认为川路风波有三个转折点：一是保路同志会成立，正是端方与盛宣怀联合发出“歌电”，并强迫王人文公布“歌电”，刺激了民意；二是罢市，其原因也是端方力主保持李稷勋的宜昌分公司总经理职务；三是9月7日赵尔丰下令捕人，原因也是端方弹劾了赵尔丰、王人文等逼迫而致。这篇言辞谦恭却锋芒毕露的公开信，矛头直指端方才是四川动乱的罪魁。端方收到该信后，批示道“该署司（周善培）罪恶昭著”，认为这是“老奸巨猾”的周善培“嫁祸本大臣，为上欺我皇上，下愚我川民之计”。
11月8日，赵尔丰再度上奏，弹劾端方“诡谲反复，希图见好于川民谬信讹言，罔究事实”，已经安定的人心被他又搅乱了，而且他罗织罪名弹劾官员，弄得官员们人人自危，将领们在前线也不敢用力。赵尔丰指责端方上任后躲在武昌，天天电报逼迫自己采取强硬手段，而带兵入川后却又不顾成都当时正是危急，非要绕道重庆，等到武汉、宜昌失守，已无退路，仓皇失措，不顾国家利害，只考虑一己安危，“川事为之一误再误，不可收拾”。赵尔丰甚至断言：“端方到省（成都）之日，即将为川人独立之时。”
端方大军到了资州后，本可以长驱直入成都，但赵尔丰在半道上陈列重兵，端方狐疑不敢前进。此时，“北京失守，朝廷外逃”的谣言也传到资州。端方可能的选择是：上策是顺应大势，主导并鼓动四川独立，自己就有了一块巨大的根据地，进退自如；中策是率部退居陕西，伺机勤王；下策则是孤身离军，保全性命。
显然，他选择上策，派遣幕僚朱山及刘师培到成都活动，这刺激了赵尔丰抢先独立。成都独立的消息传到资州，端方发现赵尔丰棋先一着，遂计划离军回京。这当然是下策，但他的上策已经被赵尔丰截断，而所率部队是湖北人，在这乱世都不愿大队入陕，指挥不灵，中策也行不得。此时，资州地方士绅们出面挽留，说端方此时率军反正，成都唾手可得，众人便可推他为都督。端方不同意，士绅们又说：“公如虑成都不能容，则即于资州树白帜（指大汉国旗），某等可函至省绅来资州，拥公为主，公幸勿疑。”据张祖翼的记载，此时端方长叹一声：“我果如此，何以对慈禧太后、德宗皇帝（光绪）于地下哉？我计决矣，君等勿为我虑也。”于是，众人“皆太息而散”。
此时，端方如果回京，还是完全可能的。但是，他一方面想等成都的饷银送到，另一方面还要等一名姓周的“土寇”率众来降，结果等到的是自己的末路。
亲身经历了四川大动乱的郭沫若，日后感慨说，“岑春煊并没有入夔门一步，而入了夔门的端午桥（端方）就没出夔门一步”，端方“如果有岑春煊那样的聪明，率性把胡子剃了，一个人改装逃走或许到现在都还活着，他的《陶斋吉金录》或许有再续三续出现了，但是他到底没有这样的幽默”。
战时休息的清军士兵。
这哪里还能算得上“幽默”呢？英国《泰晤士报》记者莫理循就公开表示：“端方在中国享有广泛的威信。他是满人，但属于满人中之佼佼者……野蛮杀害端方，引起人们普遍的谴责。”
端方的门人、湖南名士左全孝感慨道：“谓天道有知耶，神奸巨蠹多无恙，而持公理、重民权，首倡宪政如我公者，独罔善其终！”