全军范围的反“教条主义”，是从1956年下半年开始的。大气候是由于中苏关系的变化，2月，苏共二十大全盘否定斯大林，导致了中苏两党关系破裂的开端。4月，《人民日报》发表《关于无产阶级专政的历史经验》一文，毛泽东发表《论十大关系》，提出向外国学习“不能盲目的学，不能一切照抄，机械搬用”。并明确指出，“学术界也好，经济界也好，都还有教条主义”。虽然正面还宣称学习苏联，实质上已经开始转弯。
按照中央部署，军队内部开始学习《改造我们的学习》等五个文件，意图就是要破除对苏联的迷信，反对教条主义。在军事学院和国防部的训练总监部，争论尤为激烈，争论的焦点是：教条主义倾向究竟是局部的，还是全军性的；在一个单位中，究竟是占主导地位，还是只在某些方面存在。起初，这种争论是在民主的气氛下进行的，各种意见都可以毫无顾忌地表达出来。李夫克和蔡铁根的信就是在这样的环境下写出来的。本来通过这样的争论，对发展适合我军实际的军事教学和训练是有益处的。但是由于国防部和彭德怀本人的干预，把反“教条主义”扩大化了。
1956年9月，主持军训工作的副总长张宗逊派训总院校处处长彭施鲁带一个工作组到南京，了解军事学院学习五个文件后的情况。在座谈时一些学员和干部谈了学院中存在的教条主义的情况。令彭施鲁吃惊的是，“不少人对学院领导提了许多尖锐的意见，主要是反映学院里民主空气不够，压服较多。从他们说话的口气中，听得出对院长刘伯承元帅是谅解的，但对其他领导借刘帅的威望压制民主则甚为不满。他们没有指名道姓，但听得出来是针对当时实际主持工作者陈伯钧同志讲的”。[7]工作组回京报告后，11月张宗逊又带领工作组来到军事学院调查，并写出了正式报告。报告中肯定了几年来学习苏军经验的成绩，同时又指出了学习中的片面性，把很多不适用于我军的东西也学来了。后来由彭施鲁执笔，把报告内容改写成《关于几年来训练工作的我见》，用张宗逊的名义发表在1957年2月9日的《解放军报》上。
看过张宗逊的报告后，彭德怀感到军事学院的问题严重，于是在1957年2月与陈赓、谭政等率领国防部工作组到军事学院检查工作。在听取了院领导、干部和学员的汇报后，彭德怀谈了自己的意见。他说：“根据汇报的情况来看，在学院教学中，不是有无教条主义的问题，而是教条主义相当严重。最主要的表现是教学内容和我国我军实际情况不相适应。”“当然就军事学院的历史条件和客观情况来看，就现在的事实来看，产生这种相当严重的教条主义现象，也不是意外的，不能把责任归咎于哪一个人。要论责任，我也是有责任的。”他指责院校党委在反教条主义的问题上“采取徘徊、犹豫、拖延的态度”，强调“我军在长期革命战争中所表现的一个最根本的特点，就是以劣势的装备技术战胜优势装备技术的强大敌人。这个特点过去一贯是我军制定作战原则的主要根据，因而我军的基本经验也是以劣势装备战胜优势装备敌人的经验”，“说我们过去的东西没有什么值得学习，是没有根据的”，“我军在学术方面现在最大的缺点，是我军的经验没有进行系统的整理和总结。为了解决这个问题，我认为学院应当着重研究毛泽东同志的军事著作，作为指针，来整理我军的历史经验。”回到北京后，他对讲话记录进行了整理，4月24日送给毛泽东，并附信说：他“感到该院在教学工作中教条主义倾向相当严重。因为这个学院是训练我军高级干部的学校，对于全军的学校和部队影响很大，所以我特别向该院党委讲了一次话，着重提出该院应当开展反教条主义的工作”。[8]
为了强调反教条主义问题，彭德怀又在《讲话》的基础上整理补充了一个《视察南京军区工作向党中央和军委的报告》，5月20日上报中央。经毛泽东批准后，公开发表在军内刊物《八一杂志》上。《报告》中的第二部分是“军事学院反教条主义问题”，内容比《讲话》更具体化了，指出教条主义的具体表现是“在教材和作业想定中，对于我军党委集体领导和首长分工负责相结合的制度，对于我军的政治工作制度照顾少，多半是采用了‘一长制’的精神。编写教材和作业想定的根据，没有注意我军现有的装备技术条件以及我军最近的及将来可能达到的装备技术水平，而是把苏军已经高度机械化了的装备技术条件作为依据。在战术演习中，除了注意到一般地形条件下的攻防战术之外，很少针对我国大部分沿海地区山地多、河流多、水田多的特点，忽视了我军长期在复杂地形条件下所采用的渗透、穿插、迂回、包围等战术活动，把大部分演习都设想在一般起伏地带，都设想为大规模的正面攻防战。这样教学的结果，固然一方面可以使干部取得一些现代技术条件下的战争规律知识，但是，另一方面就包含着一个危险，这便是一旦发生了战争，我们的军队就可能不会以劣势的装备去战胜优势装备的敌人，也可能不会在山地、水网、河川地带进行作战，将使我军在战争初期遭受不必要的损失”。[9]
彭德怀的《讲话》和《报告》，对军事学院的教学和训练持基本否定的态度，把教条主义提高到战略和军队建设的基本方针之争的高度，并将《报告》在全军范围内公布，说明他把教条主义看得很严重，并且要在全军开展反教条主义。军事学院的主要领导不同意他的《讲话》，认为学院的工作一直是在军委领导下进行的，几年来成绩是主要的。学院党委在3月间举行扩大会议，做出了《关于深入开展反教条主义的决定》，但是对彭的定性有不同的看法。陈伯钧提出三点：①成绩是基本的、主要的；②教条主义是实际工作中的错误；③过去的方针、口号是正确的。[10]院党委的《决定》体现了这个基调，把工作中的缺点错误写为“教条主义倾向”，而不是彭提出的“教条主义相当严重”。钟期光政委到上海向刘伯承汇报，刘伯承对彭的提法是不同意的。他对钟说：你在南昌暴动时就当红军，难道会“背叛优良传统吗？”他还说：“海、空军有什么传统？海军出航，你看宣传鼓动棚设在哪里？”南京总高级步校校长宋时轮也对钟表示：“以我为主有办法吗？经验总结又没有，教材翻身不容易，逼着公鸡去生蛋不行呀。”[11]
关于“以我为主”总结我军革命战争经验的问题，刘伯承在主持军事学院工作期间，是做了大量工作的。对于这一点，刘伯承即使是在1958年7月10日军委扩大会议上作检查时，也实事求是地作了说明。他说：“在建院之初，就按照军委的指示，抓了传统教育、现代作战训练和制度正规化三个环节。”“在传统教育方面，教了毛主席著作，且经常以毛主席思想方法和中央决议整风和做思想工作，教党史、教政治工作、编讲战史，并曾经三次组织赴朝鲜学习作战经验，组织学员编出许多战例，汇集为课业之用，成立战史系主要学党史、毛主席军事著作。”他解释说，由于建院初期的教员几乎都是从原国民党旧军人中招募的，由他们来讲授、编写我军战史是困难的。对这个情况，军事学院干部部部长萧新春曾专门做过统计：1951年非党军事教员190人，占全体教员94.5%；以后逐渐淘汰调整，1957年非党军事教员131人，占全体教员21.3%。这说明军事学院正在逐步培养和加强我军干部的教学科研力量，朝着“以我为主”的方向努力。[12]
而编写我军战史的工作，是1956年4月彭主持军委第63次会议才决定由叶剑英、李达等组成筹备委员会，开始着手进行的。[13]后来的事实证明，编写我军战史，总结我军经验，是一项长期的、艰苦细致的科研工作，绝非短时期能够实现的。
彭德怀一方面积极主张反“教条主义”，一方面又尽量避免扩大打击面。他在对军事学院《关于深入开展反对教条主义的决定》的批示中强调“不要追究责任”，“如果要论责任，军委的责任更大”。但是在训练总监部还是掀起了追究责任的斗争。萧克等负责人认为，军队产生教条主义的责任首先在张宗逊。萧克回忆说，张宗逊“本来在学习苏联高潮时期，曾提出了一些过火的口号，引起了不少同志的反感。这时或许是出于想摆脱些责任，挽回影响，又不切实际地夸大教条主义在军队和院校中的严重性。他把训练工作中的某些缺点错误，都同教条主义联系起来”。[14]主持训练工作的叶剑英元帅，在1958年7月14日军委扩大会议的检讨中也指出，张宗逊“当时在六位上将副部长中，他是唯一孤立的一个。大家对他意见很多。虽然张宗逊同志积极主张反对教条主义，可是对自己在主持院校训练工作中所犯的严重的教条主义错误却不作认真的检讨。若当时提出张宗逊同志为训练总监部部长是很少有人拥护的”。结果，虽然张宗逊于1957年9月被调离训总，回总参任专职副总长，1958年3月训总召开四级干部会议，后来演变成对张宗逊的批判会。
训总干部会议反映出一种情绪，许多人不赞成彭德怀对反“教条主义”的提法。有的干部发言要彭德怀收回他视察军事学院后给中央的报告，这样就使矛盾激化了。彭德怀在看了训总干部会议简报后质问萧克说：“你们哪里是在批斗张宗逊，就是批彭德怀嘛！”这时正值中央成都会议召开，毛泽东在会上做了破除迷信、解放思想、反对教条主义的讲话。训总干部会议反对反“教条主义”的立场得不到支持，被迫休会。而毛泽东对训总四级干部会的否定和军队内部争论的升级，导致了1958年军委扩大会议的反“教条主义”斗争。[15]