军团成立之初，由于规模太小，因而虽在1396年的尼科堡战役中成功崭露头角，但却并未起到决定性的作用，灭顶之灾却在不久之后降临到他们的头上：奥斯曼帝国在欧洲的急速扩张引起了中亚枭雄帖木儿的不安。1402年，帖木儿亲率大军攻入奥斯曼境内，与苏丹巴耶济德一世决战于当时的帝国首都安卡拉近郊。由于种种因素所致，奥斯曼军队大败，许多军队逃离战场。加尼沙里军团忠心耿耿地护卫着苏丹，结果被全部歼灭！
好在帖木儿并无彻底摧毁奥斯曼帝国的意向，在俘虏了巴耶济德一世之后，他就撤军回去了。帝国在经历了十年的大空位和内战之后，由巴耶济德之子穆罕默德一世继任苏丹之位。穆罕默德采取休养生息的政策，不再对外扩张，全力进行内部建设。帝国的国力和军队终于渐渐恢复。到了穆罕默德之子穆拉德二世统治时期，由于帝国的欧洲封臣仍忠于苏丹，德米舍梅制度得以重新开始实行（这一制度主要实施于帝国的欧洲行省），军团也得以重建。
穆拉德二世改变了其父的和平政策，开始继续向欧洲扩张，这导致了与欧洲强国匈牙利和威尼斯之间的一系列冲突，连绵不止的战争逐渐令穆拉德感到疲倦。1444年，在先后与匈牙利和东方的卡拉曼酋长国签订了和平协议后，穆拉德宣布退位，让位给12岁的儿子穆罕默德。
然而，年幼的苏丹同时遭到了国内的贵族、军政要人以及国外势力的轻视。以匈牙利为首的欧洲各国势力旋即联合起来，撕毁和平协议，组成十字军朝奥斯曼帝国进军。于是，以坎达里·哈利里帕夏为首的贵族以苏丹年龄太小、无法在危机时刻担当大任为由，煽动加尼沙里军团起来叛乱，迫使穆罕默德退位。结果穆拉德二世还没在东部过上几天安生日子，就又得回来干苏丹的苦差事了。当然他是顾不上发牢骚的，因为当前的首要任务是击退欧洲人的入侵。
欧洲联军是由教皇尤金四世和匈牙利王国共同发起的。主要由匈牙利和瓦拉几亚、波西米亚和波兰的军队组成。另有为数不多的捷克人、波斯尼亚人、克罗地亚人、保加利亚人、立陶宛人和鲁塞尼亚人（乌克兰人），以及教皇国军队和条顿骑士团。主要统军将领有匈牙利国王瓦迪斯瓦夫三世、将军约翰·胡尼亚迪、教皇特使卡迪纳尔·朱利安·切塞里尼和瓦拉几亚大公弗拉德·德拉库（大名鼎鼎的吸血鬼的原型）之子米尔恰二世。联军名义上的最高指挥是瓦迪斯瓦夫三世，但实权掌握在胡尼亚迪手中，此人殊不简单，曾多次击败奥斯曼军，被欧洲人视为奥斯曼人的克星。
教皇、威尼斯、热那亚舰队封锁了达达尼尔海峡。与此同时，联军的陆军朝瓦尔纳挺进，准备在那里与海军会合，然后由水路沿着地中海海岸而下，前往君士坦丁堡。为此他们一路只顾挺进，而将沿途的奥斯曼要塞弃之不顾。但他们到达瓦尔纳的时候，发现已经无法按原计划前进了，因为穆拉德二世亲率的一支5万人的大军已经逼近了那里。
在战斗爆发的前一天晚上，胡尼亚迪主持召开了一次军事会议，教皇特使卡迪纳尔·朱利安·切塞里尼坚决主张迅速撤军。但此时基督教军队被困在了黑海、瓦尔纳湖、弗兰加高原密林遍布的陡峭山坡以及敌军中间难以动弹，撤退已不可能。切塞里尼见状，又提出了第二个建议：利用胡斯战车修筑起一道工事，并借此坚持到己方舰队抵达。
胡斯战车是匈牙利人的秘密武器之一。15世纪，捷克神学家胡斯教授因揭示教会敛财的恶行而被残忍处死，这激怒了捷克人，掀开了历时15年的“胡斯战争”的序幕。在战争中，一种“塔博尔车阵”的战术成了捷克人的秘密武器。
这种战术并不复杂：就是将一辆辆名叫“塔博尔”的四轮大车用铁链首尾相连，形成一个可移动的堡垒群。每辆大车均经过改造，变成了武装战车，并配有由18到21名士兵组成的战斗分队：4到8名十字弓手，2名手炮手，6到8名装备长矛和连枷的士兵，2人携带盾牌，2人驾车。大车内配备有一袋袋削尖的石块，作为备用弹药使用。在堡垒群内部部署有骑兵部队。
大车阵以防御性为主，据守在里面的军队先是用火炮猛轰敌军，当敌军接近大车工事的时候，工事内部的十字弓手和手炮手将一齐开火，在近距离给敌军造成更大的杀伤。经过这波无比猛烈的密集火力打击后，敌军士气将一落千丈。此时，倘若防守方的指挥官认为时机合适，则战役即将进入第二阶段，大车方阵内的装备剑、连枷、长柄类武器的步兵与骑兵会一拥而出，朝已经变得疲乏不堪的敌人杀去。此时敌人将末日临头。
不难看出，这种车阵是专门用来对付以冲锋为主的骑兵的，捷克人利用它曾多次击败以重骑兵为主力的德国讨伐军。他们最终失败后，不少胡斯党人流亡匈牙利，也带来了这种全新的战术模式。富有眼光的胡尼亚迪意识到这种战术将会成为匈牙利军队对付善骑射的突厥人的利器，于是便招募了大量波西米亚人入伍。果然，在日后的卫国战争中，胡尼亚迪利用塔博尔车阵让不可一世的穆拉德二世和突厥骑兵吃到了苦头。切塞里尼的提议无疑是绝佳的扬长避短之招。
◎ 胡斯军队利用大车对抗德国骑兵。
尽管教皇特使的建议得到了匈牙利贵族和克罗地亚、捷克的领主们的支持。但却遭到瓦迪斯瓦夫和胡尼亚迪的反对。胡尼亚迪自己就是利用大车工事的高手，然而大概是近年来频频击败奥斯曼人，让他对后者起了轻视之心，认为突厥人也不过如此罢了。因此他振振有词地说：“逃跑已不可能，投降更是想都不要想，让我们拿起手中的武器，为了我们的勇气和荣耀而战吧。”由于名义上的最高指挥瓦迪斯瓦夫站在胡尼亚迪一边，并以大权授之，决战之议遂定。
1444年11月10日一早，胡尼亚迪将约2～3万人的十字军排成一道弧形阵，部署在瓦尔纳湖和弗兰加高原之间。战线长约3.5公里。总计3500人的波兰和匈牙利王家卫队携带两面旗帜，与匈牙利王家雇佣军及匈牙利贵族的私兵一道据守于军阵中央。瓦拉几亚骑兵则位于中军后方，被当作预备队使用。
总数为6500人的右翼部队在面向卡梅纳村的山下列阵。指挥官是瓦拉丁主教扬·多米内克。切塞里尼统的一支德国雇佣军和一支波斯尼亚部队亦在其中。此外还有埃格尔主教及其亲军部队，以及被革除教籍的斯洛文尼亚军事长官弗兰克·托拉茨的克罗地亚部队。
5000人的左翼部队由胡尼亚迪麾下的特兰西瓦尼亚人、保加利亚人、德国雇佣军和匈牙利贵族的私兵组成，统帅为胡尼亚迪的妹夫米哈伊尔·西拉格。由300到600名捷克人和鲁塞尼亚人护卫的四轮战车组成的车阵陈列于匈牙利军队后方，紧贴着黑海和瓦尔纳湖的位置。战车卫队的指挥官为盖特曼切伊卡，与他们并肩作战的还有波兰人、立陶宛人和瓦拉几亚人。每辆四轮战车上有7到10名士兵，车阵中装备有火炮。
奥斯曼人的中央部队包括加尼沙里军团和从鲁米利亚征募而来的武装人员，他们被部署在两座色雷斯人的古坟周围。穆拉德本人就在其中一支部队之中指挥作战。右翼部队由来自鲁米利亚地区的卡皮库鲁和西帕希部队组成，安纳托利亚的阿金基和西帕希部队则构成了奥斯曼军的左翼。加尼沙里弓箭手和阿金基轻骑兵部队列阵于弗兰加高原之上。
在这场战役中，加尼沙里部队掘出数道战壕，构筑了两道木栅，然后将军团主力的阵地设在后方。主力部队的后侧是一群骆驼，再往后是用许多面钉在地上的盾牌构成的临时防御工事，担任苏丹警卫的加尼沙里精锐部队就被部署在这道防御工事的后面。
◎ 瓦尔纳战役流程图。深色方为联军，浅色方为土军。
战斗一打响，阿金基轻骑兵部队就朝托拉茨的克罗地亚部队发动进攻，联军使用火枪和火炮回击，将其击退。但阿金基骑兵队的撤退显然是一种计策，当联军士兵争先恐后地追击前者的时候，自己的侧翼却遭到了安纳托利亚西帕希骑兵的包抄，联军大乱，他们试图逃进位于瓦尔纳海湾另一侧的小型加拉塔要塞内，但绝大多数人都被杀死在瓦尔纳湖和代夫尼亚河附近的沼泽地内，可怜的切塞里尼亦葬身于此地。只有托拉茨的部队成功撤退到了战车车阵之后。
奥斯曼军的右翼攻击了米哈伊尔·西拉格的匈牙利及保加利亚部队。他们的推进被阻止了，并被逐了回去；而后鲁米利亚的西帕希部队再度发起进攻，联军左翼开始有些动摇了。胡尼亚迪不得不亲自率领两支骑兵前往助战，临走之前他特别叮嘱了瓦迪斯瓦夫：“就在原地坚守，不要乱动，等我回来再说。”匈牙利名将旋即杀向土军右翼部队，以轻骑兵为主的奥斯曼骑兵无力抵挡以德国重甲骑兵（雇佣军）为主的匈牙利骑兵的猛攻，开始撤退。他们的溃败引发了土军全军的动摇，许多奥斯曼人开始逃跑。
眼看穆拉德二世要再一次在胡尼亚迪手上吃到一次败仗，一次突发事件却彻底改变了战局走向。年轻气盛的瓦迪斯瓦夫长期以来一直被摄政王胡尼亚迪的权势和名望所压制，早已想通过在战场上建功立业的方式来扬眉吐气一番。这次见土军崩溃在即，他再也按捺不住了，遂将胡尼亚迪的忠告抛到了九霄云外，带着500名波兰护卫（瓦迪斯瓦夫本是波兰人）就朝土军杀去。
年轻人胆大敢闯，这倒也正常，问题是瓦迪斯瓦夫先生这次玩得太过火了些：他竟然带了几百人就直取奥斯曼人的中军，想当场把穆拉德二世给干掉。而波兰骑士的表现也确实不赖，如劈波斩浪一般突进，斩杀着当面之敌，最后竟一路打到了土军御营之前！
但瓦迪斯瓦夫显然和胡尼亚迪一样，低估了奥斯曼军人特别是加尼沙里禁军的素质。虽然不少土军官兵已然失去信心。但军团却延续了安卡拉之战的荣光，死战不退。在他们的拼死抵抗下，波兰骑兵的进攻势头被扼制住了。瓦迪斯瓦夫本人想直冲进苏丹营帐内，但是不巧，眼看他即将成功之时，战马掉进了陷阱内！
落单的瓦迪斯瓦夫被一拥而上的禁卫军当场斩杀，其余的波兰骑兵也很快被击溃。得知这一噩耗的胡尼亚迪拼命回军，想把国王的尸身抢回来，然而他就连这一点都没能做到。失去了总指挥的基督教联军已是军无战心，胡尼亚迪只得组织残军撤退。
此战联军死伤达1.2万人，瓦迪斯瓦夫的脑袋也被砍了下来，作为战利品送往托普卡帕宫。奥斯曼军的伤亡其实更大，达2万人之多，但毕竟最后控制了战场，所以胜利者仍是他们。
◎ 瓦迪斯瓦夫于瓦尔纳战役中阵亡。