到了公元1382年，马穆鲁克中大部分突厥巴赫里马穆鲁克被置换为切尔克斯马穆鲁克。后者主要是欧洲人，大都从俄罗斯高加索地区的基督郊区而来。他们逐渐增多，渐渐对占主导地位的突厥人造成了威胁。直到最后，切尔克斯马穆鲁克成了马穆鲁克真正的主力。此后切尔斯克马穆鲁克经常召集他们的整个家族来分享他们的好运气，这使得大量缺乏军事训练的外国人仅仅凭借家庭的关系就涌入埃及，有时候还身居高位。
在晚期15世纪切尔克斯苏丹统治时期，前马穆鲁克统治者的马穆鲁克部队，会被派往艰苦的战役同时得到较低的薪水。现任马穆鲁克苏丹的核心军队往往由一些经验不足的军官组成，尽管他们声望较低，战斗力也不够强，但他们更为忠诚。
马穆鲁克的军事制度带给这个王朝一个无法破解的问题。他们虽然拥有强悍的军队，但因为苏丹与各埃米尔的互相掣肘，并不断发生内部政变，这个王朝也很难做到有效扩张。因此到了14世纪早期，马穆鲁克王朝显示出了第一个衰退的迹象，一系列的瘟疫在埃及和南俄的招募点打击了马穆鲁克的人力资源。14世纪后期，在突厥马穆鲁克与高加索马穆鲁克（从高加索地区和东南欧其他地区，也就是前面提到的切尔克斯马穆鲁克）之间的竞争酿成了各种内战。帖木儿入侵大马士革也曾造成了严重的破坏。入侵所导致的马穆鲁克内部争斗也进一步雪上加霜。很多不良情况开始显现，诸如较短的军事训练，不服从和忠诚度的削弱，使得马穆鲁克王朝衰落了。但即便如此，在之后的16世纪，马穆鲁克王朝面对谢里姆一世指挥的奥斯曼军队时依然是一支强大的势力。
训练是艰苦的，战争也是危险的，但最大的威胁却是瘟疫。马穆鲁克在晚期遭到瘟疫的打击，1459-1460年间，将近三分之一的马穆鲁克死亡。这让王朝不得不发展当地有免疫力的埃及人加入马穆鲁克，许多年轻的钦察人也纷纷进入了马穆鲁克新兵营充数。有趣的是，这倒是带来了中亚地区性别平等的传统。
◎ 在叙利亚阿勒颇的一名马穆鲁克。
瘟疫与军事人员素质的下降在15世纪可谓严重打击了马穆鲁克王朝的军事实力，除此以外，由于西班牙与葡萄牙等海洋强国的崛起，也使得埃及王国在香料贸易上的损失日益严重。过去最重视军事训练和军事装备发展的军国王朝现在反而在武器装备的进步上逐渐停滞不前。骄傲的传统让他们不愿意采用新的技术。武器上虽然有一些零星的改进，诸如中世纪晚期马穆鲁克骑兵们穿着垫着铁片的铁甲衣取代了链甲，开始戴着拥有链甲护颈的铁盔、滑动的护鼻等等。但直到15世纪，马穆鲁克还没使用板甲片加强的锁子甲，更严重的是，马穆鲁克在火药武器上的进展与不断扩张的奥斯曼军队相比可谓是停滞不前。
虽然14世纪火枪和火炮开始出现在马穆鲁克军中，但马穆鲁克们一直只是小范围使用，并没有普及开来。这让马穆鲁克在1516年与奥斯曼军队在达比克荒原的决战中饱尝苦果。
1516年8月24日，在叙利亚阿勒颇以北44公里处，自信的马穆鲁克苏丹带领着他的军队与他们的新敌人——奥斯曼军队交战。
悠久而强悍的骑兵传统让马穆鲁克苏丹无比自信，他从开罗出发时伴随着热闹的游行、音乐、赞歌和欢庆，仿佛还未作战他们就已经获得了胜利。也许他们的确有资本庆祝，因为苏丹率领着自己的马穆鲁克骑兵——也就是最精锐的马穆鲁克骑兵5000人，而且有15个“千夫长”级别的埃米尔带着自己的军队加入了苏丹的军队。有资料表明马穆鲁克全军包括各种民兵与志愿者达到了8万人，而他们的对手奥斯曼人，全军兵力则是6.5万人。
谢里姆一世的奥斯曼军队与马穆鲁克有相似的奴隶兵制度，却有着比马穆鲁克更加完善而现代化的征募、训练与军备体制。奥斯曼被称为卡皮斯库鲁的禁军骑兵，以及作为精锐的重装骑兵的西帕希骑兵足以与马穆鲁克骑兵相抗衡；而奥斯曼的步兵则优秀得多。相对于他们一直没有专业化步兵的对手，奥斯曼步兵中无论是滑膛枪手还是苏丹亲兵，军事素质对马穆鲁克自由民步兵简直是压倒性优势。更何况奥斯曼军队拥有专业化的炮兵部队，他们在此战中拥有50门大炮。
◎ 1为奥斯曼的巴尔干步兵，2为奥斯曼西帕希重骑兵，3为奥斯曼重步兵。
在奥斯曼令人恐惧的炮击声中，马穆鲁克军中的大批杂牌军与民兵很快就溃不成军，真正给奥斯曼军队造成威胁的仅有苏丹中的皇家马穆鲁克。这些最精锐的骑兵在苏丹的带领下猛冲奥斯曼军阵，而这个时代，早期的滑膛枪还不能完全阻止精锐骑兵的冲锋。皇家马穆鲁克排山倒海的冲锋造成了奥斯曼军中大量伤亡，让谢里姆一世一度想让军队后撤。但最终，专业化的军队让奥斯曼人最终赢得了这关键的一天。奥斯曼的专业步兵最终挡住了孤军深入的皇家马穆鲁克骑兵，后者完全溃败，而马穆鲁克的苏丹也遭到斩首。在这一天，战争之神从骑兵转向了大炮。此战马穆鲁克军队损失高达7.2万人，而奥斯曼军队也付出了13000人的代价。
马穆鲁克王朝仓促即位的新苏丹土曼·贝伊二世重新集结军队对抗南下的谢里姆一世。相对于之前那位过分自信而送命的苏丹，勇敢的土曼·贝伊充分了解了16世纪火药武器的恐怖，于是从各种防御工事中集结装备火器的部队。但冰冻三尺非一日之寒，苏丹只集结了非常少的火枪部队。公元1517年，他最终决定在开罗城外的瑞达利亚，依靠一个强有力的防御体系来抵抗奥斯曼的军队。
◎ 1为耶里尼新军军官，2为奥斯曼滑膛枪火枪手，3为耶里尼新军海军。
苏丹把射石炮放置在壕沟和栅栏后面，从而想把野战变成守城战。他还使用了30辆（有其他资料显示是100辆）安装轻型火枪的牛车，以及骆驼火枪兵，但奥斯曼军队无论是火炮数量、质量以及炮兵质量都更胜一筹。在这场火器间的射击角斗中，奥斯曼的重型火炮取得了完胜。
一名马穆鲁克埃米尔的背叛加剧了土曼·贝伊二世失败。谢里姆得到了这个叛徒带给他的重要消息，于是命令军队绕道利达尼亚之后的红山发起冲击，从侧后包抄了马穆鲁克的炮台。
勇敢的苏丹土曼·贝伊二世只有带领着自己仅存的马穆鲁克亲卫队孤独地冲锋。他们绝望式的冲锋竟然冲破了奥斯曼军队的防御，并杀进了谢里姆一世的帐篷附近。无畏的马穆鲁克骑兵们甚至阵斩了奥斯曼帝国的宰相息南·巴夏。对马穆鲁克的英勇连谢里姆一世都给予了充分肯定，他说：“我们赢了，但我们却失去了息南·巴夏。”但这也是马穆鲁克能做到的极致了，接下来马穆鲁克被奥斯曼军队四面包围并溃退。就这样，马穆鲁克在开罗城前又遭到了决定性失败，战局已无可挽回。
第二天，土耳其苏丹谢里姆一世队伍严整地进入埃及首都。不屈的马穆鲁克苏丹土曼·贝伊带领残余势力又持续抵抗了8周。这位苏丹最终被奥斯曼军队抓住，并被吊死在开罗的中央广场。他的死正式宣告了曾经称霸一时的马穆鲁克王朝的终结。在未来4个世纪里，埃及与叙利亚都成了奥斯曼土耳其帝国广阔疆土的一部分。
◎ 1为波斯尼亚步兵，2为奥斯曼统治下的马穆鲁克西帕西骑兵，3为游僧。
马穆鲁克王朝已经终结，但为数众多变节的马穆鲁克势力仍然残存了下来，这些埃米尔开始效忠他们的新主人——奥斯曼苏丹。而对实质统治埃及毫无兴趣的谢利姆一世，对埃及的行政系统并没有做实质上的改变。因此拥有本土优势的马穆鲁克又再度快速崛起，完全不了解埃及政治的奥斯曼地方提督往往很快就在政治舞台中被边缘化，马穆鲁克再度成为埃及实质的统治阶层。因此当时的埃及几乎不像是奥斯曼帝国的直接领土，反倒有些像是一个“马穆鲁克藩属”。
之后马穆鲁克的军事改革仍在缓慢进行。然而，马穆鲁克于军事上的变革完全是建立在与贝都因人或是苏丹火枪民兵作战的经验上，骑兵的基本战术仍维持在其一贯的中世纪式冲锋，他们也依然没有建立起自己的制式化步兵。马穆鲁克的军事发展比起蓬勃发展的欧洲，没有更接近反而差距拉得更大，这注定了埃及马穆鲁克将无法独立面对专业化与制式化的欧洲军队。公元1798年7月21日，伟大的拿破仑进军至开罗北方的艾巴贝，与当地马穆鲁克军队展开了一场与其说是战役不如说是屠杀的“金字塔战役”。但有趣的是，军神的眼光就是有独到之处，马穆鲁克缺乏的是军队制式化和现代化的训练素质，却并不缺乏个人战斗素质，因此拿破仑决定将让这些马穆鲁克接受法国军队的现代化军事训练并加入了法军，学习了现代化的骑兵线列冲锋。
到达法国的马穆鲁克只有250人，但他们的文化影响却是巨大的，这批传奇的异国骑兵第一次在巴黎阅兵就获得了众人好奇的关注与期望。之后拿破仑将此批马穆鲁克交由让·拉普将军负责指挥。在著名的三皇会战——奥斯特利茨会战中，学习了现代化的骑兵线列冲锋的马穆鲁克依靠勇敢的冲锋粉碎了俄军的反攻，并由于优异的表现而被授予标准军号。不过，马穆鲁克骑兵在这个时代已成为拿破仑现代化军队的点缀，而不再是一个中世纪王朝的支柱，他们的历史也随着这戏剧性的结尾画上了最终的句号。
◎ 加入拿破仑后的法军，使用线列冲锋的马穆鲁克骑兵。