虽然民族问题呈现出越来越尖锐化的趋势，但开始并没有马上提出脱离苏联而独立的问题。在波罗的海三国、格鲁吉亚、乌克兰西部民族主义比较强烈，波罗的海三国和乌克兰存在着很强的反俄情绪，格鲁吉亚的民族主义主要是针对奥塞梯人和阿布哈兹人的，亚美尼亚和阿塞拜疆主要是争夺纳卡州的归属。然而，由于苏共领导人处置失当，使得这些矛盾不仅没有得到解决，反而更加激化。突出的有以下几次重大事件。
（一）纳戈尔诺—卡拉巴赫冲突发展成民族仇杀
纳戈尔诺—卡拉巴赫自治州在苏联南高加索阿塞拜疆共和国境内，面积4400多平方公里，80年代末的人口约18万，80%左右是亚美尼亚人，信奉基督教。纳戈尔诺—卡拉巴赫自治州行政中心为斯捷潘纳克特。1923年7月，在没有成立自治州之前，该地区属亚美尼亚管辖，叫汉肯德村。1923年7月7日成立自治州，为纪念邵武勉而改名，并由联盟中央政府决定，划归阿塞拜疆管辖，当时该州居民90%为亚美尼亚人。这是斯大林做出的决策，完全违背了该地区人民的愿望。对此，亚美尼亚一直十分不满，一有机会就要求联盟中央“纠正”。自1987年10月开始，纳戈尔诺—卡拉巴赫自治州的民族主义运动发展起来，人们希望在宪法和法律的范围内解决这一问题，由此使亚美尼亚和阿塞拜疆两国、两族之间的关系也紧张起来。
1987年纳卡州的7.5万人签名寄给戈尔巴乔夫，要求将之与亚美尼亚合并，戈尔巴乔夫没有答复。1988年2月，冲突开始，亚美尼亚人开始游行和罢工，2月20日，纳卡州州委会以亚美尼亚代表110票对缺席的阿塞拜疆代表30票通过了致苏联最高苏维埃和亚美尼亚、阿塞拜疆最高苏维埃呼吁书，要求把该州转归亚美尼亚管辖。苏共中央本应该纠正历史的错误，公正地解决这一问题。但是，苏共中央并没有立即着手解决这一问题。2月21日，政治局召开会议，商讨对策，戈尔巴乔夫强调通过政治手段解决问题，反对改变疆界，他建议亚美尼亚和阿塞拜疆两个共和国的领导聚集在一起，自己解决问题，他派利加乔夫和拉祖莫夫去巴库，派雅科夫列夫和多尔吉赫去埃里温，分别做双方的工作。政治局要求两个共和国的领导人使局势正常化，两国领导人对此都不满意。
1988年2月26日，戈尔巴乔夫告阿塞拜疆和亚美尼亚人民书发表，呼吁两个共和国的居民在民主进程和法制框架内行事，认为现有民族地区布局的任何更改，都有损于民族之间的关系。他指出，“现在最主要的事是集中克服复杂的局势，解决具体的经济、社会、生态和在阿塞拜疆和亚美尼亚积累的其他问题……我号召你们表现出公民的成熟性和自制力，回到正常的生活和工作中，维护社会秩序”。[35]公开信的内容，立即引起亚美尼亚人的反对。当天，戈尔巴乔夫还会见了亚美尼亚创作界知识分子的代表，他谈了对局势发展的担忧，要求大家保持团结和友谊。戈尔巴乔夫并没有把事态压下去，到2月26日，埃里温的示威人数就达到了100万人，并从和平示威发展到兵戎相见。那里的一切都已陷于瘫痪，一切都停滞了。附近一些村庄的居民也开始成群结队地涌向埃里温，抗议苏共中央公开信的内容。巴库也举行了示威游行，阿塞拜疆的苏姆盖特市也立即发生针对亚美尼亚人的游行和骚乱，2月27～28日苏姆盖特发生了对亚美尼亚人的大屠杀，两天内有32人被杀，其中亚美尼亚人有26名，100多人受伤，一些房屋和汽车被烧毁，许多亚美尼亚人的住宅遭洗劫，不少人遭殴打、强奸。一些10～100人不等的团伙在市内流窜，寻找下手的对象。当地警察没有干预，而实际上包庇暴徒，被拘留的20个人中16人被释放。[36]
面对日益尖锐的纳戈尔诺—卡拉巴赫冲突，1988年2月28日苏共中央政治局会议讨论这一问题。戈尔巴乔夫在会上通报说：“集会者在发言中谈论最多的话题是卡拉巴赫的问题，它与亚美尼亚合并的问题。他们说，斯大林时代对这一问题的决定是错误的，是在众所周知的条件下强加给人民的决定，是不正确的，因此现在应该在民主和改革的框架内解决。”[37]“现在，阿塞拜疆方面开始有反应了，首先是那里死了人，于是开始谣言四起。阿塞拜疆人由于担心遭到迫害已开始出逃，同时他们声明说，亚美尼亚人不让他们住在那里，于是导致了动荡。再说斯捷潘纳克特也不平静。现在阿塞拜疆那边也开始行动了。我似乎觉得阿塞拜疆的行动也是有组织、有预谋的。这在纳希切万表现得特别明显，那里也聚集了成群的人们”。[38]
亚佐夫通报了来自苏姆盖特的情况，一位将军在报告中说，部队刚好碰上一群年轻人胡作非为，于是驱散了他们，但这些人仍三五成群地继续为非作歹，他们烧毁汽车，行凶杀人，已经有14人被他们打死，还有许多人被送到医院。切布里科夫补充说：110人受伤。弗拉索夫通报说：有14人被打死，其中3名妇女，3名阿塞拜疆人，6名亚美尼亚人，其余两名死者身份正在调查，另外还有71人受伤，其中亚美尼亚人48名；6辆汽车被烧毁；在13座房屋里发生19起纵火案；政治教育所、公共汽车站遭到破坏；强暴案4起；54名警务人员遭围攻；已拘捕47名闹事者，其中有5名是趁火打劫者。[39]
戈尔巴乔夫也认识到苏姆盖特动荡不安，许多人趁火打劫，他同意国防部长下达命令，迅速把军校学员和其他部队派进苏姆盖特。他还协助空运了3000多名警察到那里。他们立即展开行动，到5点钟的时候已控制住了局势。对于纳戈尔诺—卡拉巴赫冲突及涉及的两个共和国，戈尔巴乔夫强调要稳定局势，他批评个别领导人卷入此事，“简短地说，现在应该控制住亚美尼亚，以免他们有过激的反应。我们原打算我们派往阿塞拜疆和亚美尼亚的同志能在星期一回来，这样我们可以在星期四交换一下意见，但现在我想，目前他们还得留在那里继续这一工作，而且还要加强。这项工作在亚美尼亚已经完成，但可能不够全面，尤其是在边境地区，因此这项工作也要在这里继续。现在应该把人民群众和社会各界都动员起来。我们现在急需情报，但你就是得不到情报。总有这样或那样的人隐情不报，老是捂着盖着。阿塞拜疆共产党中央和亚美尼亚共产党中央都有个别同志卷入此事，他们不干正事，但是什么都知道”。“他们对这种情绪暗送秋波，并甘当俘虏，现在更是难以自拔。亚美尼亚共产党中央全会支持公开信，但他们却要求成立委员会。他们现在走得太远了，并且还在不断地煽动人民的情绪。这是事实。但我们还是要理解这一点，并像人们所说的，给他们一次机会。我们就做一些让步，改变一下我们对待他们的态度，但一定要保持局势的稳定”。他提出应该采取的措施：一是要大力吸收人民参与局势正常化的进程；二是采取措施解决亚美尼亚和阿塞拜疆之间积累的矛盾，防止内讧蔓延；三是要采取措施加强这两个加盟共和国间的交往。[40]
这次政治局会议决定在苏姆盖特实行宵禁，戈尔巴乔夫强调不能开枪，以防伤到群众。但没有就纳戈尔诺—卡拉巴赫问题做出决议，只是要求把近三年来有关这一问题的信件整理成专辑。戈尔巴乔夫强调：“我们在民族事务方面的成就是巨大的，它超过了一切，这是基础，是运用改革和民主化阶段可以解决尖锐问题的基础。很明显，我们就应该这样安排工作，现在就立即结束阿塞拜疆和亚美尼亚的事件，分析其中的原因等等，仔细讨论。如果中央必须通过一项关于卡拉巴赫的决议，那也要等到共和国自己就其社会经济问题请求我们出面时再做。”[41]在亚美尼亚和阿塞拜疆两个加盟共和国就纳戈尔诺—卡拉巴赫地区归属尖锐对立的情况下，苏共中央并没有做出裁决，戈尔巴乔夫还幻想两个共和国的领导人能达成协议，能够通过政治手段解决问题。苏共中央更换了两个共和国的领导人，在亚美尼亚，阿鲁秋尼扬取代了杰米尔强，在阿塞拜疆，韦济罗夫取代了巴吉罗夫，但起不了多大作用，因为群众性的民族运动已经渗透到共和国的各级党组织中，对共和国的党政领导形成了压力，听命于莫斯科对他们不利。
1988年6月14日，亚美尼亚最高苏维埃同意纳戈尔诺—卡拉巴赫自治州并入亚美尼亚；6月17日，阿塞拜疆最高苏维埃重申，纳戈尔诺—卡拉巴赫自治州仍旧是阿塞拜疆的一部分。纳戈尔诺—卡拉巴赫事件表明，这两个共和国的领导人不仅不阻止民族冲突，而且亲自参加和积极支持本国的民族主义者，这种倾向在其他地方也在发展，“越来越明显的是，各加盟共和国的民族主义运动越来越得到党机关的支持。在苏联解体前，早在别洛韦日协定之前，党就开始依照民族原则解体”。[42]
苏共中央的政策是不能变更疆界，担心由此引发连锁反应，戈尔巴乔夫强调暴力不能解决民族问题。为了避免冲突演变成武装对抗，苏共中央和最高苏维埃决定自1988年7月26日起，在纳戈尔诺—卡拉巴赫自治州实行中央直接治理，并任命阿尔卡季·沃尔斯基为自己派驻斯捷潘纳科特的“全权代表”。1989年11月，沃尔斯基结束毫无成效的使命返回莫斯科，意味着戈尔巴乔夫政策的失败。
1989年底巴库局势又激化，阿塞拜疆的人民阵线十分活跃，1990年1月13～15日，一股反亚美尼亚和反俄罗斯的屠杀洪流在巴库出现，有数十人被殴致死，大批亚美尼亚人开始逃亡，“整个共和国到处都是暴行。有18个区的政权机构被捣毁，在与伊朗接壤的200公里长的边境线上，边防设施被毁坏”。[43]1月15日晚苏联最高苏维埃主席团讨论巴库的问题，但没有就此问题做出决议，会议决定在纳戈尔诺—卡拉巴赫地区和阿塞拜疆、亚美尼亚的其他一些地区实行紧急状态。巴库的局势继续恶化，许多非阿塞拜疆族人开始逃亡，18日晚阿塞拜疆人民阵线宣布在巴库实行紧急状态，市内筑起了街垒，苏维埃和党的机构已不能控制局势，1月19日，苏共中央、最高苏维埃主席团和苏联部长会议颁布《告阿塞拜疆和亚美尼亚人民书》和最高苏维埃主席团关于在巴库实行紧急状态的命令，决定从20日零时起在巴库实行紧急状态（一直持续到1991年8月）。1月19日深夜军队开进巴库，与人民阵线的战斗队发生冲突，83人死亡，其中有14名军人及家属。[44]
纳戈尔诺—卡拉巴赫冲突没有得到及时制止，阿塞拜疆人民阵线逐渐发展壮大，掀起了民族仇恨浪潮，据苏联总理雷日科夫说：“在1988年，将近200万人口的巴库居住着20余万亚美尼亚人。这是继埃里温之后亚美尼亚居民人数最多的城市。冲突爆发之前，阿塞拜疆居住着大约50万亚美尼亚人。这是亚美尼亚境外该民族与其他民族混居人数最多的地方。可现在只有几千人继续住在巴库，主要是与民族通婚的妇女。”[45]
（二）第比利斯事件无人负责
格鲁吉亚民族是苏联所有民族中民族特征保持得最完整的民族，这个外高加索民族有着热爱自由的传统，富于反抗精神，“格鲁吉亚族只要觉察到稍有损害它的民族特征，它就最公开、最猛烈地进行反抗”。[46]在苏联成立时，他们曾激烈地反对过斯大林的“自治化”方案，反对过苏联的民族一体化政策。在民主改革的气氛下，格鲁吉亚的民族主义组织发展迅速，1987年末开始成立了各种团体和组织，如“伊里亚·恰夫恰瓦泽协会”、“圣伊利亚真理会”、“格鲁吉亚民族正义联盟”等，还成立了以尚格拉亚、奇亥伊泽和其他文化活动家为首的人民阵线，他们宣传格鲁吉亚是20年代被布尔什维克占领的，提出了要求格鲁吉亚独立的口号，领导人物有加姆萨胡尔季阿、科斯塔瓦、昌图里亚等。1988年11月第比利斯局势趋于紧张，反对派在政府大楼前举行几千人的集会，要求独立。在第比利斯市检察长和戈尔巴乔夫发出呼吁后局势稳定下来，到11月末停止了集会。这次事件暴露出很多问题，正如格鲁吉亚党中央第二书记尼科利斯基所说：“在极端非常的条件下，苏维埃和党的机关、基层党组织、党的和经济工作的积极分子在劳动群众、居民、青年中的思想工作是软弱无力的。虽然后来也采取了一些措施，但正如事件进程所证明，这些措施是不够的，不彻底的。”[47]
据雷日科夫所言，格鲁吉亚后来局势的恶化与谢瓦尔德纳泽有关，在谢瓦尔德纳泽被戈尔巴乔夫调到中央后，帕斯季阿什维里任格鲁吉亚党中央第一书记，他在格鲁吉亚进行的反腐败斗争，牵涉一些曾与谢瓦尔德纳泽共事的高官，如格鲁吉亚负责组织工作的书记哈别伊什维利，格鲁吉亚总检察长和库塔伊斯克市党委第一书记自杀，他们都是谢瓦尔德纳泽提拔和重用的干部，案子已经牵连到谢瓦尔德纳泽。1988年11月谢瓦尔德纳泽曾同人民阵线的领袖们会晤，具体谈了什么不清楚，但“事实终归是事实：他们无非是想要动摇格鲁吉亚的局势，赶走帕斯季阿什维里。而在这个问题上，加姆萨胡尔季阿、科斯塔瓦、昌图里亚等人就成了同盟者，严格说来是成了谢瓦尔德纳泽的救星”。[48]
1989年4月第比利斯事件的导火线是“阿布哈兹问题”，在格鲁吉亚民族主义发展起来后，他们对非格鲁吉亚族进行攻击，1989年3月18日，有阿布哈兹州委成员参加的群众集会上，通过决议要求把阿布哈兹升格为加盟共和国，阿布哈兹的第一书记在决议上签了字。[49]格鲁吉亚人对阿布哈兹人的愿望极其不满，从4月4日起，第比利斯市发生大规模示威，反对阿布哈兹族的要求，但以后运动的矛头从强烈谴责阿布哈兹自治共和国领导人的分离主义，发展成要求民族独立的游行、示威、集会，提出了“格鲁吉亚独立！”“打倒俄罗斯帝国！”，规模愈来愈大，几千人在政府大楼前静坐，甚至绝食抗议。
面对群众性集会，格鲁吉亚的领导人显然没有处理这一事件的经验，帕斯季阿什维里向集会者发表讲话，无人理睬，反对派领导人要求格鲁吉亚独立，要求与中央直接对话，在这种背景下，格鲁吉亚领导人倾向于用强力手段驱散集会者。1989年4月7日，帕斯季阿什维里就第比利斯局势致电苏共中央，在谈了格鲁吉亚的紧张局势后，请求用非常手段解决问题。电报说：“我们认为有必要：1）立即追究那些打着反苏维埃、反社会主义、反党的旗号的极端派分子的刑事和行政责任（对此有法律依据）；2）借助于内务部和荣膺红旗勋章的外高加索军区的补充力量在第比利斯实行特殊制度（宵禁）；3）依靠党、苏维埃、业务部门积极分子的力量采取一系列政治、组织和行政措施以稳定局势；4）制止以联盟和共和国的大众传播手段发表使形势复杂化的报道。第1、2、4条请求批准。”[50]
4月7日在苏共中央会议上，当时戈尔巴乔夫在伦敦访问，会议由政治局委员利加乔夫主持，梅德维杰夫、斯柳尼科夫、切布里科夫，政治局候补委员卢基扬诺夫、拉祖莫夫斯基、亚佐夫，以及克格勃主席克留奇科夫、内务部长特鲁申等参加了会议，会议没有做记录，只是“建议必要时在第比利斯实行宵禁并就此问题向苏共中央委员会提出请求”。[51]会议决定必须给共和国政府以帮助，运用内务部、国防部的军队维护法律秩序，但要求谨慎使用兵力。随后内务部机动部队和高加索军区的野战部队调往第比利斯。[52]
根据事后苏联人民代表大会专门委员会的调查，“在1989年4月7日苏联共产党中央委员会召开会议之后，苏联国防部长亚佐夫大将立即口头命令科切托夫将军和罗季奥诺夫将军赶赴第比利斯市，按照当时形势自己决定如何行动。就在那一天（1989年4月7日16点50分），总司令部首长莫伊谢耶夫大将以国防部名义发布命令，派伞兵陆战队前往第比利斯，去警戒一些最重要的目标并在进出第比利斯市的一些主要道路上组织稽查，同时命令第比利斯驻防军三支部队处于完全战备状态。按照苏联内务部副部长什洛夫的命令，还从各地区调来内勤部队小分队和特种警察分队，总人数2000余人”。[53]
当日晚上，科切托夫将军和罗季奥诺夫将军抵达第比利斯后会见了格鲁吉亚共产党中央委员会第一书记帕斯季阿什维里和第二书记尼科利斯基。在这次会见中，格鲁吉亚党的领导人又一次坚决请求实行宵禁，这一点没有得到科切托夫和罗季奥诺夫的同意，他们借口部队数量不足。
苏联最高苏维埃主席团主席戈尔巴乔夫于1989年4月7日晚上11时从国外访问回到莫斯科，并了解了格鲁吉亚的情况，当时他便建议派谢瓦尔德纳泽和拉祖莫夫斯基前往格鲁吉亚。4月8日，苏联共产党中央委员会召开了讨论格鲁吉亚形势的第二次会议。会议由政治局委员、苏联共产党中央委员会书记切布里科夫主持，出席会议的成员和1989年4月7日相同，利加乔夫因休假未出席。出席会议的还有政治局委员谢瓦尔德纳泽和苏联内务部长巴卡京。和前一天晚上一样，会议内容没做记录，且所通过的决议没有用文件形式记录下来。
同一天，收到了帕斯季阿什维里就第比利斯局势致苏共中央的电报，在这份报告里，帕斯季阿什维里一方面说第比利斯的形势仍然十分紧张，在政府大楼附近不断举行着成千上万人的群众集会，主要口号仍和以前一样：“退出苏维埃社会主义共和国联盟，成立独立的格鲁吉亚”；“消灭自治”；等等。在阿布哈兹苏维埃社会主义自治共和国内举行了一次3000～5000人的格鲁吉亚人的大会，反对将阿布哈兹从格鲁吉亚社会主义共和国划分出来。在一些高等院校中，部分学生为支援参加大会者宣布绝食。但是，电报又说，在总体上，共产党中央委员会、政府和各地方党和苏维埃的机关掌握着局势，正在采取一些稳定形势的必要措施，特别是在第比利斯111个企业和机关内建立了维持秩序和加强组织性的工人战斗队，参加人数共4685人。和内务部及荣膺红旗勋章的外高加索军区一起制定并正在实行一些保卫法律秩序的措施，目前苏共中央和苏联政府不需要采取另外的补充措施。[54]有鉴于此，谢瓦尔德纳泽和拉祖莫夫斯基没有去第比利斯。利加乔夫后来认为，谢瓦尔德纳泽没有去格鲁吉亚是错误的，因为按照戈尔巴乔夫的安排，在收到帕斯季阿什维里这封电报前，谢瓦尔德纳泽应该在第比利斯了，“谢瓦尔德纳泽如果像戈尔巴乔夫提议的那样，于4月8日早晨去了第比利斯的话，4月9日凌晨的悲剧就不会发生了”。[55]
1989年4月8日傍晚，发布了格鲁吉亚苏维埃社会主义共和国部长会议的命令，由部长会议主席奇赫伊泽签署。“根据这一命令，格鲁吉亚苏维埃社会主义共和国内务部在动用内勤部队和苏联军队的军事服务人员情况下采取措施使集会人群离开政府大楼前的广场，这是惟一的一份不是由党的机关，而是由国家机关通过的有关制止第比利斯市非法群众运动的文件”。[56]4月9日，苏联内务部部队发布了关于驱散人群的作战命令，由3419部队驱散和清理小组组长巴克拉诺夫中校和参谋长克列伊梅诺夫少校签署，“4月9日夜间，集会形势急剧复杂无法控制。参加集会的8000多人号召罢工，号召公民不要服从政府。他们提出了民族主义和反苏性质的口号，号召推翻格鲁吉亚苏维埃政权，建立共和国临时政府，并要求脱离苏联。……部队任务是：与3219部队协同，执行驱散参与大规模动乱人员的特殊作战任务，制止反苏、反社会团伙，清理政府办公大厦附近的广场。驱散人群的工作沿鲁斯塔维利大街到共和国广场进行。尔后切断所有通向广场的路段，禁止公民进入广场。根据上级作战首长的决定，采用17P-73型装备。禁止对妇女和未成年人使用橡皮棍。为了对人群施加精神影响，驱散小组使用了配备战斗技术装备（БТР-60пб）的装甲输送车。根据上级作战首长的决定，在遇到非常紧急情况时，还给驱散小组配备的消防车上安装了水龙头，但禁止向妇女和未成年人使用水龙头喷射”。“行动计划和部队行动草案由叶菲莫夫将军和格鲁吉亚内务部长戈尔戈泽签署，然后得到罗季奥诺夫将军的批准”。[57]
悲剧事件发生在4月9日凌晨，根据帕斯季阿什维里向苏共中央的报告，凌晨4时，“使用武力清除政府大楼旁广场上参加集会的群众。按照权威机关预先制定的计划，动用了共和国内务部和外高加索军区小分队的力量”。“内务部和外高加索军区部队的小分队并没有使用枪炮和冷兵器，他们严格遵守关于小心对待妇女和青少年的指令。极端派分子使用棍棒和石头进行疯狂反击，在此情况下前几排的集会参加者不停地向前逼近，于是人群失去控制，朝着已宣布绝食躺在人行道上的青年人冲去。此外，人群中还有不少挑衅者使用了白刃，在一片拥挤中有16人丧生（13个年轻妇女和3个男人），100多人不同程度地受了伤，其中有22人是军人（13人被送入医院）。对受伤者给予了急救”。[58]但是，1989年12月9日苏联人代会关于第比利斯事件的决议表明，在用“暴力驱赶”集会参加者时，曾使用了橡胶棒、“特殊物质”——有刺激作用的有毒物质、步兵小铁铲以及有一次（根据法医鉴定）还使用了火力器。另一方面，集会者随着反抗力越来越增加，为反对“驱逐暴力”他们也使用了顺手的工具。[59]“事件的许多参加者：普通老百姓、警察局工作人员和军人都不同情况、不同程度地受了伤，悲惨的结局是16个集会参加者当场死亡，另有3人很快死在医院中，军人和警察局工作人员都未见死亡。准确确定游行者和军人及警察局工作人员的受伤人数遇到一定困难。但与此同时，委员会掌握足够的材料从整体上来判断4月9日事件中造成的医疗后果。根据格鲁吉亚共和国卫生部的材料，在驱逐行动进行时和行动之后几小时内，前来第比利斯医院就医者共有251人，其中183人住院治疗。之后的一些日子里，需要急救的人数呈波浪形上升（4月13日、21日、27日和5月5日）。总的来说，从4月9日到5月9日这段时间，到各医疗部门就诊的人数总共有3000～4000人。住院治疗的有近500人。到目前为止，登记防治和治疗中的人数有将近1000人”。[60]但是，雷日科夫不同意这个报告，他认为当时使用的“稠李树”和“K-51”属于警用瓦斯，并不是毒气，内务部有权使用这些特殊制剂对付犯罪分子，在这一事件中有251人就医，其中183人住院。在这些事件中有189名军人受伤。16人死在事件现场，3人死在医院。[61]
从格鲁吉亚事件的整个发展进程来看，格鲁吉亚共和国的领导人不善于处理突发事件，如此多的人参加的这种非法群众集会，肯定有深刻的社会根源，一味迷信用暴力手段解决自然不会有好效果。在处理这一事件中也暴露出苏联体制存在的根本性问题，是政府还是党中央应该承担职责不清，雷日科夫抱怨身为部长会议主席，完全被排除在事件之外。第比利斯事件在苏联国内外引起了强烈反响，运用武装力量解决社会群体性事件并造成伤亡遭到一致谴责，对此，领导人之间相互指责和推诿，无人承担责任，矛头指向了军队。
戈尔巴乔夫在回忆录中谈到第比利斯事件时说：“那里的非正式团体从1989年4月4日起在政府大厦前连日举行未经批准的集会，打出的口号是‘格鲁吉亚要独立！’‘打倒俄罗斯帝国！’。地方领导人认为采用政治方法以及与人们直接开展对话是软弱的表现（当时许多‘老一辈’干部都有这毛病），还是采用武力为好。4月7日他们建议第比利斯实行紧急状态。在当天的苏共中央的会议上（叶·库·利加乔夫、维·米·切布里科夫以及其他人员参加）决定派军队到那里去。但这并不是想使用武力，当时认为只要士兵一出现局势就会正常。”[62]
谢瓦尔德纳泽认为利加乔夫应该为这一悲剧负主要责任，利加乔夫则认为谢瓦尔德纳泽没有去格鲁吉亚调节冲突，应该对此负责，戈尔巴乔夫并非不知情，他同意了书记处会议的决定。戈尔巴乔夫认为书记处也没有决定使用武力。他在回忆录中认为，这是亚佐夫擅自决定的，是他赞同外高加索军区司令罗季奥诺夫采取行动。[63]雷日科夫认为党中央采取了不一致的立场，诿过于人，“在那些日子里，政治局始终没有开过全体会议。只是几位政治局成员碰头研究一下局势。苏联部长会议根本没有被吸收参与此事”。[64]
政府和军界领导人之间的关系受到了损害，军界领导人认为国家领导人不公正地将政治家挑起的危机的责任转嫁到军队身上。在第一届苏联人代会上，代表们指责军队，戈尔巴乔夫没有勇气出来承担责任，博尔金曾向戈尔巴乔夫提出建议：“您可以把全部责任承担下来。您的下属受践踏，这也不是好事。即使人们认为您对发生的事情一无所知，这仍然会影响您的总书记、武装力量总司令、国防委员会主席的形象。可能是下属使您不明真相。无论他们是坏人还是好人，是不中用的指挥员还是精明能干的，他们都是您任命的，不能让他们去遭受别人的感情侮辱。至于是什么人的具体过错，以后再查。这样的话人们就会看到您的勇气、正直和高尚气度，从而信任您。您会使无辜的士兵免受攻击并保卫军队。”[65]但是，戈尔巴乔夫没有承担责任，军人自然对他不满。
第比利斯非法群众集会的组织者并没有受到处罚，在苏联人代会专门委员会的报告中也承认：“政府大楼前非法群众集会的组织者（采列捷利、加姆萨胡尔季阿、昌图里亚和非正式组织的一些其他领导人）应该为自己的行为负刑事、政治和道义上的责任，这些人在集会过程中破坏了各种社会秩序，号召群众不执行政府当局的合理要求，这样，也就没有试图阻止事件的悲惨结局发生。”[66]无论是格鲁吉亚，还是联盟方面，都没有对这些人进行惩处，他们后来成为促使格鲁吉亚独立的重要力量。在第比利斯事件后，有一封由60人签名的信送交苏共中央，信中提出了同样的问题：“从去年秋天起该市居民，其中包括我们——军官、超期服役的准尉、工人和职员、外高加索军区军人家属都是煽起具有反社会主义和反俄罗斯的民族主义情绪的亲眼目睹者。我们不明白，为什么在苏维埃政权存在70年的这个加盟共和国的境内充满极端民族主义情绪的分子能够任意活动，不受惩罚，公然号召推翻社会主义制度，迫害共产党员，把外国军队引入加盟共和国的领土。加盟共和国政府不是采取果断的措施及时制止类似行动，而是去巴结一些青年大学生和一些知识界的小团体。我们认为，还是这种立场导致了悲惨的第比利斯四月事件。”[67]
4月12日格鲁吉亚广播和电视发布了戈尔巴乔夫告格鲁吉亚共产党员和全体劳动者书，他对第比利斯发生的事件表示痛心，他表示“相信共和国的共产党员和劳动者，能够考虑格鲁吉亚人民的人文传统、表现出理性、健康的思维和高度的责任心，保卫改革、我们的社会主义的共同价值，我们的兄弟情感和友谊。同志们，格鲁吉亚恢复平静取决于你们。”[68]戈尔巴乔夫除了相信格鲁吉亚人的理智之外没提出什么切实可行的措施，4月14日在格鲁吉亚共产党中央全会上帕斯季阿什维里、奇赫伊泽和切尔科吉亚被解除职务，贡巴里泽当选为格共中央第一书记。
第比利斯事件的悲剧性后果在苏联国内引起巨大反响，掀起了反对中央政府使用武力的浪潮。在4月20日召开的政治局会议上，戈尔巴乔夫谈到了军队的作用，他告知国防部长亚佐夫：从今以后没有政治局的决定，军队不得干预类似事项。[69]1989年5月11日，戈尔巴乔夫在讨论波罗的海三国的政治局会议上说，“不得动用武力。在对外政策中已经放弃使用武力，那么在对待本国人民时就更不能求助武力了”。[70]这就无异于告诉高加索的极端民族主义分子“今后中央绝对不会使用武力”。[71]第比利斯事件使政府很难再次考虑使用军事力量惩办闹事的共和国，极端民族主义分子可以肆无忌惮了。
格鲁吉亚的民族主义势力继续发展，1989年6月建立了人民阵线，11月17～19日，格鲁吉亚最高苏维埃修改宪法，确认共和国在其境内拥有土地、矿藏、河流、森林及其他自然资源的所有权；保留自由退出苏联的权力；若苏联的法律、法令不符合格的利益，格则停止这些法律、法令在境内的效力。1990年10月底，在格鲁吉亚最高苏维埃选举中，格共受挫，反对党联盟“自由格鲁吉亚—圆桌会议”获胜。此后，组成新议会。“圆桌会议”领导人兹·加姆萨胡尔季阿出任最高苏维埃主席。新议会删去了格宪法中“社会主义”、“共产主义”、“苏联”等有关条款，取消了国名中的“苏维埃”和“社会主义”字样，规定格鲁吉亚共和国法律高于苏联法律，并升起了1921年以前的黑、白、深红三色旗。1990年12月8日，格共二十八大宣布脱离苏共，其目标是使格鲁吉亚脱离联盟。
1991年4月9日，在格鲁吉亚议会非常会议上通过了国家独立宣言。宣言强调指出，“格鲁吉亚主权共和国的领土是统一和不可分割的”，并决定设立总统职位。同年5月26日，加姆萨胡尔季阿当选为格鲁吉亚总统。8月9日，议会通过了《国营企业私有制法》，走上了独立改革的道路。在苏联解体前，格鲁吉亚已经脱离了联盟中央，事实上独立了。
（三）受害民族返回家园的问题难以解决
这是斯大林民族政策留下的后遗症，第二次世界大战时期，接受这些受害少数民族的哈萨克斯坦领导人说：“对主要居住在苏联边境地区一些民族的全体人民开始进行残酷的镇压。他们被不分青红皂白地指控为带有‘卖国情绪’。爱好和平的人们，大多为老弱妇孺，被紧急地（甚至不让他们收拾个人用品）装进运牲口的车厢遣送到我们的草原。仅在运转期间就有数万被驱逐出境的人由于冻饿或患病死去。当时被强行迁到哈萨克斯坦的有1.85万户远东朝鲜人（保存下来的统计资料中只有户数）、近80万伏尔加河沿岸的日耳曼人、来自苏联西部的10.2万波兰人以及50.7万北高加索居民。克里米亚鞑靼人、土耳其梅斯赫特人、希腊人、卡尔梅克人以及苏联的其他一些民族也遭到放逐哈萨克斯坦这样的厄运。”[72]赫鲁晓夫时期为受害民族恢复了名誉，但没有根本解决问题。
1987年民族主义活动接连不断，但还未形成规模，组织程度也不高。克里米亚鞑靼人要求重返克里米亚，其人数有35万人，1987年夏天，数以千计的克里米亚鞑靼人要求获准回到克里米亚，他们打着“无祖国，毋宁死”的标语走在莫斯科街头，在中央委员会大楼对面的花园中安营扎寨，戈尔巴乔夫承认他们的权利，但又无法满足他们的要求，因为50多年过去了，克里米亚已经发生了变化，鞑靼人被斯大林驱逐后留下的空白已经被俄罗斯人和乌克兰人所填补了。
“早已‘冻结’的民族冲突和受迫害民族的痛苦遭遇就这样闯入了国家的政治生活，以自己的方式重新安排改革的日程，打乱了戈尔巴乔夫想为改革规定的进度表”。[73]1987年7月9日政治局召开会议，讨论鞑靼人重返克里米亚的问题，戈尔巴乔夫认为恢复克里米亚自治体的想法是不现实的，应该从实际出发，他表示“应当在乌兹别克斯坦为鞑靼人创造丰富多彩的生活条件，给他们以关怀。那些已经抵达克里米亚的，就让住在那里好了。而且也要给予帮助。但要做鞑靼人的工作，要他们不再往克里米亚迁移。要号召人们从实际出发”。[74]会议决定成立一个专门委员会研究解决这一问题，其成员有葛罗米柯、谢尔比茨基、沃罗特尼科夫、乌斯曼霍贾耶夫、杰米契夫、切里科夫、卢基扬诺夫、拉祖莫夫斯基、雅科夫列夫。委员会与乌克兰领导人决定让一部分鞑靼人返回克里米亚，但问题并没有得到解决，直到1989年全部鞑靼人才获得了返回克里米亚的权利，但不恢复克里米亚鞑靼自治共和国的地位。如果居住在哈萨克斯坦和中亚其他共和国的克里米亚鞑靼人被准许回到克里米亚，中央要求乌克兰领导人解决这一问题，但他们提出要求移民迁出的共和国付给乌克兰一笔补偿费，足够移民修建住房和发给交通费用，但是哈萨克斯坦坚决反对。纳扎尔巴耶夫认为，“哈萨克斯坦给这些人提供了安身之地，提供住房和工作，又没有提出将他们强制迁出的问题，有什么理由应该支付补偿费呢？恰恰是中央应当筹措经费来安置回乡的人”。[75]
鞑靼人问题没解决，德意志人的问题又出现了。1988年2月28日政治局会议上，雅科夫列夫谈到了德意志族人的问题。德意志族人是在叶卡捷琳娜二世时期开始在这里定居下来的，在100多年的时间里，他们享有免服兵役的权利，后来，在亚历山大二世时代这一特权被取消了。定居下来的德意志族人总共有40多万。卫国战争前夕，斯大林将居住在苏联西部地区的德意志人、波兰人等集体强迫迁往东部地区。40多万德意志人被强迫迁到库伦达大草原上，它在苏联西西伯利亚的南部，面积约10万平方公里，平均海拔高度在100～250米。境内有苦咸水湖库伦达湖，蕴藏芒硝。
一部分日耳曼人要求恢复伏尔加河区日耳曼共和国，曾存在于萨拉托夫州境内。纳扎尔巴耶夫回忆说：“为放逐到哈萨克斯坦的伏尔加河区日耳曼人恢复政治名誉和公正的问题，我不得不进行无数次的谈判。事情的复杂性在于他们当中的一部分人开始了恢复伏尔加河区日耳曼人共和国的斗争，战前该共和国一直存在于俄罗斯现萨拉托夫州境内。另一部分人怀疑这一想法的现实性，便要求我们协助他们尽快移居德国。还有第三部分人，他们对生活的看法更现实一些。他们要求国家帮助他们复兴传统、语言、文化，同历史上的祖国建立更密切的文教和业务联系。”[76]
乌兹别克费尔干纳悲剧性事件，使居住在这里的麦斯赫特土耳其人深受其害。1944年11月斯大林把居住在格鲁吉亚麦斯赫特区的全部220个居民点的10多万人迁走，到1989年居住在乌兹别克斯坦的麦斯赫特土耳其人有6万，其中有1.2万人生活在费尔干纳河谷地带。1989年5月23日，一场由市场上一盘浆果而发生的斗殴，引发了种族仇杀，乌兹别克的小青年们煽动说麦斯赫特土耳其人占据了主要职位，排挤了乌兹别克人，杀害他们的孩子，强暴他们的妇女，到6月3～4日集中了3000多名暴徒，打砸抢烧，后来在内务部队的干预下事态才平息下来，6月14日雷日科夫对此事的总结中说：“烧毁的房屋有数千座，到当天为止，共发现尸体106具……以前多人受到人身伤害，其中约150人为军人。失踪者为数百人（其中有的在发现时已被悄悄掩埋）……到1989年7月1日止，迁出费尔干纳州的人数达到2.1万人，其中1.6万人是麦斯赫特土耳其人。”[77]在这次事件中有12人因犯谋杀罪被惩处。费尔干纳事件破坏了麦斯赫特土耳其人与乌兹别克人之间的关系，麦斯赫特土耳其人要求返回格鲁吉亚，但格鲁吉亚很难安置他们，因为他们的地方早被格鲁吉亚人占据了，苏联政府不得不把1.5万麦斯赫特土耳其人分送到俄罗斯的三个州进行临时安置。
发生费尔干纳事件的背景也是极端民族主义情绪的兴起，在乌兹别克斯坦出现了民族主义情绪的组织，他们提出的口号是“乌兹别克斯坦是乌兹别克人的乌兹别克斯坦”，1988年12月在塔什干成千上万的人参加的群众大会上，有人打出了“让俄国佬滚回俄罗斯去，让鞑靼人滚回克里米亚！”的标语牌，类似的事件在安集延也有，还出现了极端宗教组织，要求建立独立的伊斯兰共和国，有人公开制造武器。[78]