苏联共产党长期把民族问题等同于阶级问题，认为苏联已经消灭了阶级，民族问题也解决了，对民族问题的评价一直都比较乐观，认为苏联各族人民的利益是完全一致的，“各族人民新的历史共同体——苏联人民”已经形成了。戈尔巴乔夫也深信这一点，对民族问题估计不足。
20世纪80年代中期在改革开始时，并没有涉及任何民族问题方面，在1986年2月苏共第二十七次代表大会上通过的新苏共纲领中，声称过去遗留下来的民族问题在苏联已得到顺利解决。在1987年纪念十月革命胜利70周年的讲话中，戈尔巴乔夫宣布：“民族问题，我们已经解决了。革命不仅在法律上，而且在社会经济上为民族平等铺平了道路，为拉齐所有共和国、所有区域和所有民族的经济、社会和文化水平做了特别多的工作。苏联各族人民的友谊是十月革命的最伟大的成果之一。”[25]在1987年11月出版的《改革与新思维》一书中，戈尔巴乔夫还盛赞苏联民族问题的解决，他认为，“在连世界上最发达的国家也没有消除族际怨仇这个背景的衬托下，苏联是人类文明史上真正独一无二的典范”。“如果我国没有从根本上解决民族问题，那就不会有今天的苏联，它在社会、文化、经济和国防方面就不会像今天所看到的这个样子。如果没有使各共和国在事实上日益平等，如果没有在兄弟情谊和合作，互相尊重和互相帮助的基础上结成共同体，我们的国家就不能存在下去”。[26]戈尔巴乔夫看不到苏联在民族问题上长期积累的问题。在改革的开始阶段，他认为苏联在民族方面存在的一些矛盾是理所当然的，如民族自我意识提高，表现出一些民族主义倾向，不尊重其他民族的人的情绪，他要反对民族局限性和沙文主义、地方主义、犹太复国主义、反犹主义的任何表现，加强族际教育，加强爱国主义教育，实际上并没有抓住问题的实质。
苏共的公开性、民主化政策，为民族主义的全面爆发提供了条件，给他们提供了公开要求自己的权利，解决历史遗留问题的绝好机会。在改革的气氛下，长期被压抑的民族问题开始浮出水面。在民族问题上首先敲响警钟的是1986年3～4月间发生在雅库茨克大学一批俄罗斯青年和雅库特族大学生之间的冲突。接着是阿拉木图事件，1986年12月16日，苏共中央在未与哈萨克当地领导人商量的情况下，任命非哈萨克族出身的科尔宾取代库纳耶夫，引发民族骚乱。苏联当局把这看成是民族主义的抬头，采取了强力手段进行镇压。戈尔巴乔夫后来反思说：“12月25日，政治局通过一份十足传统的决议，目的并不是分析事态发生的原因，从中吸取教训，而是要给点颜色让哈萨克斯坦、同时也让其他地方瞧瞧。人们遵循着这么一个业已形成的概念：一切都应当本着统一和友谊的轨道办，惟一的危险便是民族主义的本能暴动。这种暴动并非由于存在实际问题，而是历史遗祸，是外部力量的影响所致。”[27]此事实际上是已经复兴的民族主义在苏联改革时期的第一次公开表现，其警示作用本应该受到苏联领导人的重视，但戈尔巴乔夫却未予以重视，失去了在民族问题尚未转化成危机前调整民族政策的机会。
戈尔巴乔夫的盲目乐观并不能消除民族问题，1988年2月纳戈尔诺—卡拉巴赫问题尖锐化，2月18日戈尔巴乔夫提出在二月中央全会上专门讨论族际关系问题，“只有在尊重各民族的成就、荣誉、文化、语言和历史时，在尊重各民族间广泛的共同性时，才可能有真正的族际主义和各族间真正的友谊。苏维埃爱国主义是我们最伟大的价值观。与此同时，任何民族主义和沙文主义都是与之不相容的。民族主义的任何形式都是盲目无知的”。[28]他强调按列宁的理论与实践原则处理民族问题。在2月28日政治局会议上，戈尔巴乔夫才真正认识到民族问题的严重性，他说：“应该给这些问题排排队。现在应该首先结束亚美尼亚混乱的局势，我们已授权（中央）书记处：着手研究导致这一事件的原因。心平气和地研究，也不要弄明白多少就公布多少。在此要让他们的人也参加，我们的知识分子也参加。应该成立一个代表委员会：由学者、知识分子组成，而不要只让党务和政工工作者参加。政工人员总是过多地束缚于分析事实的工作上：肯定的还是否定的。现在应该组建一个更加民主的委员会，指定领导人，让他们去考察、访问、讨论。”[29]
鉴于第比利斯事件，1989年4月10日，苏共意识形态部部长、法制部部长、党的建设与干部部第一副部长给苏共中央提交给各加盟共和国共产党中央委员会、边疆区委员会、州委员会关于维护法制的报告，要求转给各地方党委，他们指出：“今年4月10日塔斯社报道的关于格鲁吉亚苏维埃社会主义共和国政治局势的尖锐化情况，又一次表明了各地方党、苏维埃和维护法律各机关适时地采取预防措施的全部必要性。苏联共产党中央委员会提请各加盟共和国党中央委员会和各边疆区及各州党组织注意，必须对每个地区正在形成的局势进行深入而全面的分析，必须进行有效的、杜绝各种反社会现象的工作。党的委员会和基层党组织应保持高度警惕，在对极端主义和民族主义的评价中不允许温情主义和无原则性，坚决杜绝任何旨在动摇国家基础的谰言，不放过任何一次违背法律的行为。……建议各党委会仔细研究执委会关于竭尽一切努力巩固每个地区的纪律、秩序和组织性的补充措施。”[30]但没有见到苏共中央下发这个通知。
民族问题日益尖锐，戈尔巴乔夫的反应明显滞后，苏共中央终于决定于1989年9月召开专门讨论民族问题的中央全会，各地代表不同要求的信件寄到了苏共中央，有的说：“今天我们国家民族团结已经动摇了，在一些加盟共和国里发生了一些不健康的、导致民族关系紧张的事件。极端主义分子成了民族运动的领导人。他们一开始就没有受到坚决抵制。在许多情况下共产党领导人给了他们主动权，而且佯装没有发生什么可怕的事情。”有的说：“只有把阿布哈兹苏维埃社会主义自治共和国变成苏维埃社会主义共和国，它的国民经济才有可能完全按全苏劳动分工的原则发展。只有这样，才能保证合理地综合利用独一无二的自然、气候条件，物质和劳动资源。”有的说：“拉脱维亚民族被逐渐淹没在外来人的海洋里。由此产生了民族磨擦和共和国改革力量分裂的现实威胁。”还有的说：“我们、俄罗斯人已经为民族间的实际平等工作了70年。因此，我们长期观察了至今仍没有正常生活条件的非黑土地带。俄罗斯人散居在各民族边疆区，而在那里他们经常被提醒，当地居民应当有特权。苏维埃政权教导我们所有公民不分民族，在法律面前一律平等是不可动摇的公理。但是现在的情况是，这一原则不适用于俄罗斯人。在波罗的海沿岸地区我接受的是明显歧视俄语居民的法律。”[31]从这些信件看，普遍存在着不满，苏联的民族关系确实到了该重新研究和解决的时候了。
在1989年9月19～20日召开的讨论民族问题的中央全会上，通过了《党在目前条件下的民族政策（苏共纲领）》，提出的基本任务是：对苏维埃体制加以改造，用现实的政治和经济内容加以充实；扩大各种不同形式的民族自治的权利和机会；保证每个民族的平等权利；为自由发展民族文化和语言创造条件；加强各种保障，以杜绝根据民族特征限制公民权利。[32]但这个决议为时已晚，各地的民族主义已经发展起来，这个决议的针对性不强，满足不了他们的要求，因此，很少有人对其感兴趣，几乎没产生什么影响。9月23日阿塞拜疆最高苏维埃通过了共和国主权宣言，25日立陶宛宣布1940年并入苏联不合法。
改革联盟体制，从实际上的单一制向联邦制过渡，扩大共和国和自治体的权力，扩大地方的管理职能，应该是当务之急。但是，戈尔巴乔夫在改革之初根本没意识到这一问题，没有对联盟体制及时做出修改，没有想到改组联盟。1989年5月11日在讨论波罗的海问题的政治局会议上，戈尔巴乔夫曾提出，“如何实实在在地改造我国的联邦制要思考、再思考。否则真的要全部完蛋”。[33]在1989年5月第一次人民代表大会上，戈尔巴乔夫在报告中提出，要划分联盟、共和国、自治区的权限。9月全会首次提出制订并签订联盟条约的问题，但直到1990年苏共中央2月全会后才把这一问题提上日程，戈尔巴乔夫本人则直到1991年春天才积极加入制定新联盟条约的进程中来。纳扎尔巴耶夫认为，“戈尔巴乔夫的基本错误在于，他没有倾听加盟共和国要求赋予他们经济独立的呼声。除波罗的海诸国外，大多数加盟共和国含哈萨克斯坦在内，并没有追求分离、完全和盲目的独立。我们想到一点——可能会自我掌握本身的命运。戈尔巴乔夫及其同伙应及时向各共和国提供在联盟框架中最大的独立。我相信，国家可以避开以后很多动荡”。他认为，“如果哈萨克斯坦90%的工业置于莫斯科各部的监控之下，怎么可能独立地整顿经济局势呢？遗憾的是，我多次有关提供更多的经济独立的要求成了旷野呼声”。[34]
1989～1990年通过了扩大加盟共和国和自治共和国权限的《关于苏联地方自治和地方经济的基本原则法》；明确保障民族语言自由发展和使用的《苏联民族语言法》，《苏联和联邦各主体成员间权限划分法》等。1990年4月3日，苏联最高苏维埃通过了《关于解决加盟共和国退出苏联有关问题的程序法》，规定退出苏联的共和国要得到国民不少于2/3的赞成票之后才能宣布进入过渡期；其内部有自治实体的，投票要在自治实体中单独进行，这些自治实体有权决定留在苏联还是留在独立的共和国内。加盟共和国在退出苏联的决议通过后，要有一个过渡期，不超过5年，在过渡期内解决“要求退出的共和国在加入苏联时不属于该共和国的领土的地位”问题。但是，这个法令没人执行，没有一个共和国宣布独立和退出苏联时走了这个程序，而面对各加盟共和国的独立，联盟中央没有任何办法。