斯大林的清洗镇压引起一些领导人的不安。Г.К.奥尔忠尼启则和А.С.叶努基泽是斯大林的密友，早年一起在格鲁吉亚战斗过。奥尔忠尼启则先后任最高国民经济委员会主席、重工业人民委员、人民委员会副主席，1930～1937年为政治局委员。他参与各种清洗镇压行动，但对镇压规模的迅速扩大感到担心，对内务部随意逮捕他手下的人提出抗议。斯大林、叶若夫不仅不予理睬，反而派人搜查奥尔忠尼启则在克里姆林宫的住所。奥尔忠尼启则十分愤怒却又感到无力，于1937年2月18日自杀身亡。[124]政府第二天发布公告，说奥尔忠尼启则由于心脏麻痹在家中突然逝世。叶努基泽长期担任苏联中央执行委员会秘书，1935年因克里姆林宫案件被开除出党。在奥尔忠尼启则自杀后，叶努基泽被逮捕。据说，叶努基泽在受审时说，“我的全部罪过就在于，当他（指斯大林——作者注）把打算审判和枪毙加米涅夫和季诺维也夫的念头告诉我时，我曾极力劝阻他”。[125]当年，军事法庭秘密审判了叶努基泽，并以间谍罪判处他死刑。
1937年2月23日，联共（布）中央举行全会，在同“两面派分子”斗争的口号下，动员开展普遍性的清洗镇压。莫洛托夫在会上作报告说，“不坚定的共产党员昨日的动摇今天已转化为破坏活动和特务活动，他们与法西斯分子串通一气，极力讨好他们。我们必须以牙还牙，在各地坚决击溃法西斯阵营派出的这些密探和破坏分子别动队……我们应当尽快完成这件事情，不能有丝毫延误和动摇”。[126]伏罗希洛夫在发言中提出，“如果非党人员以不问政治、漠不关心的面貌出现，那么它就是半个敌人，或者是敌人的间谍”。[127]政治局委员波斯特舍夫提出不同看法，他发言说，“我个人认为，为党和社会主义事业而与敌人进行了长期和残酷斗争的党的健康分子，在1934年能够跌入到敌人的阵营里，这是令人难以置信的。我不相信这一点。”[128]
3月3日斯大林作报告，总结出“三个无可争辩的事实”：“第一，在我们所有的或几乎所有的组织中，无论在经济组织或在行政组织和党的组织中，都在某种程度上碰到了外国代理人的暗害、破坏和间谍活动，在其中托洛茨基分子起了相当积极的作用。第二，外国代理人，包括托洛茨基分子在内，不仅打入了我们的基层组织，而且窃取了某些重要职位。第三，我们的一些领导同志，无论中央的或地方的，不仅不善于看清这些暗害分子、破坏分子、间谍和杀人凶手的真面目，而且表现得这样麻痹大意、温厚宽容和天真幼稚，以致往往自己就帮助外国代理人窃取了某些重要职位。”斯大林还提出，“必须在联共（布）中央之下设立以6个月为一期的‘国内和国际政策问题讨论会’。派去受训的必须是州组织、边疆区党组织和各民族共产党中央委员会的第一书记。应当从这些同志中间造就出不仅一批而且好几批能够代替我们党中央委员会领导者的人才。这是必要的，而且是应当做到的”。[129]斯大林就这样安排和布置了清洗党中央委员的工作。
1937年3月19日，叶若夫在内务部领导干部会议上，提到斯大林对内务部工作的“严厉评价”。21日，他明确要求“在相对较短的时间内，补上在我们的审判工作和粉碎敌人方面所失去的时间。”[130]
1937年7月，维辛斯基和叶若夫先后得到奖赏，被授予列宁勋章。不久，叶若夫又被提升为党中央政治局候补委员。他们二人更加卖力地推进清洗镇压。
1937年7月3日，叶若夫发布第00447号命令，要求发起逮捕前富农分子和反苏维埃分子战役，并具体规定了各地区应逮捕的人数，要求在4个月内完成。这场战役实际用了1年多时间。从1937年8月到1938年11月，逮捕了787397人，而原定逮捕的人数是34.2万人，其中枪决的为386798人（原定7.2万人），流放到集中营的为380559人（原定27万人）。[131]
1937年8月15日，叶若夫根据政治局的决议下达第00486号命令，要求判处所有“叛变祖国者的妻子”以及他们的15岁以上的子女不少于5～8年的剥夺自由。
1937年12月，基辅州揭露了87个破坏组织和托洛茨基组织，365个暴动—颠覆小组。[132]
在1937年12月29日一天的时间里，叶若夫和维辛斯基就审理了一份包括1000名囚犯的名单，其中判处枪毙的有992人。1938年1月21日，两人小组审理了一份包括2164人的名单。[133]
1938年1月，党中央全会通过《关于党组织在开除党员方面的错误、对待被开除联共（布）党籍者的申诉的形式主义和官僚主义的态度以及克服这些缺点的办法》的决议，谴责“有些党组织不作任何审查，就毫无根据地开除党员的党籍，剥夺他们的工作，甚至往往毫无根据地宣布他们是人民公敌，任意非法地处置他们”。决议只字不提中央领导的错误，强调问题是一些野心家和暗藏的敌人两面派搞的。决议要求各级党组织“坚决停止那种不分青红皂白大批开除党员的做法”，责成各级组织“在三个月内把所有被开除党籍者的申诉书全部处理完毕”。“禁止立即撤销被开除联共（布）党籍者的职务这种不正确的和有害的做法”。[134]但全会不仅没能纠正清洗运动中的问题，反而因它将各种错误都归结为尚未揭露出来的敌人的阴谋，使镇压继续肆无忌惮地进行下去。
对党政军领导干部的镇压
联共（布）第十七次代表大会被称为“胜利者代表大会”，然而，在1966名大会代表中，竟有1108人因反革命罪被逮捕，占代表总数的56%。
打击的矛头还指向了党中央委员。1917年8月俄共第六次代表大会选出领导十月革命的中央委员会。在21名中央委员中，被逮捕处死的有别尔津、布哈林、布勃诺夫、季诺维也夫、加米涅夫、克列斯廷斯基、米柳亭、李可夫、斯米尔加、索柯里尼柯夫等10人，还有托洛茨基在国外被暗杀。遭迫害的占到一半以上。
1922年列宁最后一次出席的俄共第十一次代表大会选出27名中央委员，其中遭迫害致死的有16人，他们是：布哈林、泽林斯基、季诺维也夫、加米涅夫、科罗特科夫、奥尔忠尼启则（自杀）、拉狄克、拉科夫斯基、鲁祖塔克、李可夫、萨普龙诺夫、斯米尔诺夫（死于狱中）、索柯里尼柯夫、托姆斯基（自杀）、托洛茨基（遭暗杀）、邱巴尔。此外，彼得罗夫斯基被逮捕，后获释。遭迫害的占到60%以上。
1937年10月，党中央会议将24名党中央委员和候补委员开除出中央委员会。1937年12月，党中央委员会以征询意见方式通过决议：“中央全会根据确凿的材料认为必须将下列人员开除出联共（布）中央委员会并作为人民公敌予以逮捕：鲍曼、布勃诺夫、布林、梅日劳克、鲁希莫维奇和切尔诺夫，他们是德国间谍和沙皇保安机关的密探；米哈伊洛夫，他同雅科夫列夫的反革命活动有牵连；伦金，他同李可夫、苏利莫夫的反革命活动有牵连。”接着，斯大林亲笔补了一句：“所有这些人都承认自己有罪。”[135]十七大选出的中央委员和候补中央委员共139人，其中98人即占80%的委员被逮捕，并且全都被处死。
党中央政治局委员也没能幸免。列宁在世时的最后一届党中央政治局委员，即1923年4月第十二次党代表大会后选举产生的7名政治局委员中，除列宁早年逝世外，斯大林将其他5人（加米涅夫、托洛茨基、季诺维也夫、李可夫、托姆斯基）都置于死地。1919～1935年先后选出31名政治局委员，其中有20人遇害。一些曾积极参加反对托洛茨基和布哈林斗争，并得到提拔的政治局委员也遭镇压。仅1937～1938年就有5名政治局成员遭逮捕，全被处死。
扬·埃内斯托维奇·鲁祖塔克，1905年加入布尔什维克党，1922～1926年任全俄工会中央理事会总书记、党中央中亚局主席，1923年第十二次代表大会后当选为政治局候补委员，1926～1934年为政治局委员，1926～1937年任人民委员会副主席。1937年5月他被捕，被指控领导拉脱维亚反苏维埃民族主义组织。鲁祖塔克在法庭上声明自己无罪，但法庭只用了20分钟就做出死刑判决。1938年7月鲁祖塔克被处死。
斯坦尼斯拉夫·维肯季耶维奇·柯秀尔，1907年入党，1920年任乌克兰中央委员会书记，1925～1928年任联共（布）中央书记，1928～1937年任乌克兰党中央书记，1927年当选为政治局候补委员，1930年起为政治局委员。1938年1月，柯秀尔以缺乏警惕性的罪名被解除在乌克兰的职务，改任人民委员会副主席。同年5月他被捕，指控他在1922年就参加了反革命的波兰军事组织，1934年又成立和领导了“乌克兰反革命阴谋恐怖中心”，1939年2月26日被枪决。
弗拉斯·雅可夫列维奇·邱巴尔，1907年入党，1923～1934年任乌克兰人民委员会主席，1934年起任苏联人民委员会副主席兼财政人民委员，1926～1935年为政治局候补委员，1935～1938年为政治局委员。1938年7月被他逮捕，被控参加恐怖组织，是德国间谍，1939年2月同柯秀尔一起被处死。
帕维尔·彼得罗维奇·波斯特舍夫，1904年入党，历任乌克兰党中央书记，哈尔科夫州委、基辅州委书记，1934年起任联共（布）中央政治局候补委员。波斯特舍夫在1938年1月中央全会上发言指出，他到古比雪夫州时看到，经过清洗以后，州党委员会、州执行委员会以及区委员会的工作都瘫痪了。许多区委由于只剩下两三个委员，实际上已经停止工作。在州里，这样的区有30多个。卡冈诺维奇抓住他的发言做文章，说“波斯特舍夫在这次全会的发言是在重复敌视党的言论”。其他人也跟着批判波斯特舍夫。[136]1938年2月，波斯特舍夫被捕，被指控参加了右派—托洛茨基阴谋，充当日本、波兰和德国的间谍，1939年被处死。
罗伯特·因德里克维奇·埃赫，拉脱维亚人，1905年入党，1935～1938年为政治局候补委员，1929～1937年任西西伯利亚边疆区党委第一书记，1937年改任农业人民委员，1938年4月被捕。埃赫在法庭上不承认自己有罪。他声明说，“在似乎是我交代的供词中，除了下面的签名之外，没有一个字是我说出来的，就是这些签名也是被迫的。供词是在审讯员的压迫下制造出来的，从我被逮捕时起，就开始对我实施严刑拷打……审讯人员还利用我有病的身躯（我的脊柱已经被折断），在上面击打，就像在琴键上做的那样。这是无法忍受的酷刑……我没有犯罪，我从来也没有参加过什么阴谋活动”。1940年2月他被处死。
政府机关也遭到无情的清洗。列宁主持的第一届人民委员会由15人组成，其中就有9人（内务人民委员李可夫、陆海军人民委员安东诺夫-奥弗申柯、克雷连柯、德边科、农业人民委员米柳亭、劳动人民委员施略普尼科夫、司法人民委员洛莫夫、粮食人民委员泰奥多罗维奇、邮电人民委员格列鲍夫-阿维洛夫）在这次清洗中被镇压，托洛茨基在国外被暗杀。4人在1933年以前逝世。活过这场灾难的只有斯大林一人。
1935年进入人民委员会的委员中，有20人被处死，活下来的只有莫洛托夫、卡冈诺维奇、伏罗希洛夫、米高扬、安德烈耶夫和李维诺夫6人。1938年初人民委员会28个成员中有20人很快就被镇压。1937～1938年被捕后牺牲的政府领导人有：苏联人民委员会副主席兼重工业人民委员、国家计划委员会主席瓦·伊·梅日劳克，接替梅日劳克担任国家计划委员会主席的Г.И.斯米尔诺夫，国家计委副主席Э.И.克维林，人民委员会副主席В.В.施米特和Н.К.安季波夫，国防工业人民委员М.Л.鲁希莫维奇，司法人民委员Н.В.克雷连柯，农业人民委员Я.А.雅科夫列夫，财政人民委员Г.Ф.格林科，轻工业人民委员И.Е.柳比莫夫，林业人民委员В.И.伊万诺夫，食品工业人民委员С.С.洛博夫，国内贸易人民委员И.Я.魏采尔，卫生人民委员Г.Н.卡明斯基，邮电人民委员英·安·哈勒普斯基，水运人民委员Н.И.帕霍莫夫，机器制造业人民委员А.勃鲁斯金，国营农场人民委员Г.Н.卡尔马诺维奇和Н.Н.杰姆钦科，国家银行管理局主席Л.Е.马里雅辛等。
随着人民委员和副人民委员的被镇压，他们的下属多被牵连。1936年10月到1937年3月底，大约有2000名人民委员部工作人员被逮捕。国防人民委员部、重工业人民委员部、外交人民委员部，以及国家计划委员会遭到毁灭性打击。交通人民委员部在1936～1938年间，有13名副人民委员，65名铁路局局长，63名政治部主任和铁路局副局长被逮捕。坦克制造人民委员部整个管理机关的人员、各企业的所有厂长经理（只有两个人除外），绝大多数的专家工程师都遭逮捕。内务人民委员部是斯大林依靠的惩罚机关。但他们知道的镇压内幕太多了，斯大林不能留下这些见证人。另外，他们是第一线执行人，积怨很深，正好是缓解民怨的替罪羊。因此内务部的清洗更是突出。内务人民委员亚戈达被撤职处死后，他的副手——副内务人民委员，以及各司司长都先后被逮捕处死。叶若夫后来承认他“清洗了14000名肃反工作人员”，还说他“最大的过错是清洗得少了”。[137]叶若夫及其同伙也没有得到好下场。贝利亚上台后，逮捕了几乎所有的内务部下属的各局局长和他们的助手。
军队也遭到可怕的清洗。1930年代，苏联有5名元帅，除了伏罗希洛夫和布琼尼外，其他3名遭镇压。图哈切夫斯基被处死后，下一个受迫害的是瓦西里·康斯坦丁诺维奇·布柳赫尔。他在国内战争期间，任远东共和国总司令，五次获得红旗勋章。1924～1927年他到中国，任广州革命政府的首席军事顾问，化名加仑将军。1929年起，他任远东特别集团军司令。1938年夏，他指挥红军打败日军在张鼓峰的入侵，10月被逮捕，11月被秘密处死，但一直没有公布这一消息。另一位元帅亚历山大·伊里奇·叶戈罗夫，内战期间先后任南方和西南方方面军司令，方面军委员是斯大林；1931～1937年任红军总参谋长，1938年被捕，1939年2月遇害。1956年，为这两位元帅恢复了名誉。
此外，副国防人民委员雅·伊·阿尔克斯尼斯、伊·费·费季科和弗·米·奥尔洛夫，红军副总参谋长В.Н.列维切夫和谢·亚·梅热尼诺夫，红军总政治部副主任安·斯·布林和Г.А.奥谢皮扬，海军人民委员彼·亚·斯米尔诺夫，副海军人民委员П.И.斯米尔诺夫（斯韦特洛夫斯基），海军司令米弗·维·克托罗夫，海军参谋长П.Г.斯塔谢维奇，黑海舰队司令伊·库·科扎诺夫，北方舰队司令康·伊·杜舍诺夫，太平洋舰队司令格·彼·基列耶夫，阿穆尔河区舰队司令И.Н.科达茨基-鲁德涅夫，莫斯科军区司令С.П.乌里茨基，列宁格勒军区司令帕·叶·德边科，白俄罗斯军区司令伊·潘·别洛夫，外贝加尔军区司令米·德·韦利卡诺夫，外高加索军区司令尼·弗·古比雪夫，北高加索军区司令伊·伊·加里卡维，中亚军区司令伊·肯·格里亚兹诺夫，乌拉尔军区司令鲍·谢·戈尔巴乔夫和Я.П.盖利特，哈尔科夫军区司令伊·纳·杜博沃伊等都遭镇压。
对红军将领的镇压规模巨大。被枪杀的有：16名集团军司令、副司令中的15人；67名军长中的60人；199名师长中的136人；全部4名空军高级将领；全部6名海军上将；15名海军中将中的9人；全部17名集团军政委和副政委；29名军级政委中的25人。[138]8万名军官中有3.5万名遭到从清除出军队到判刑、处死的迫害。[139]
丹尼洛夫依据档案资料认定，1937～1939年有24574名军官遭迫害，其中9579人被逮捕，14968人被清除出军队，但11178人又重新返回军队。[140]另一份统计资料表明，1937～1939年间陆军中共有36898名军官被解除了职务，其中28685人是因政治或民族原因被处理的。1938～1939年，有11178名被解除职务的军官重返军队。到1940年1月1日，遭迫害的军官为17981人。[141]
根据军事审判厅厅长向联共（布）中央、苏联人民委员会和苏联国防人民委员会提交的苏联最高法院军事审判厅和军事法庭的工作报告，编制出工农红军干部因反革命罪而被判刑的人数统计表如下：[142]
由此可见，1936～1940年期间因反革命罪被审判的军人有10838人，其中中高级领导干部为2218人。这个数字是不完全的。因为1937年的数据不包括由苏联最高法院军事审判厅判决的“法西斯军事阴谋”和“右派—托洛茨基组织”的参加者。更重要的是，它没有包括内务部“特别会议”及其他非司法机关判处的人员，而对这些人的统计数字至今尚未进行足够的研究。有人统计，从1921年到1954年2月1日被判处反革命罪的有3777380人，其中2900000人不是司法机关判处的，占76.7%。假设非司法机关对军人审判的比例与上述平民的比例相同，那么，1936～1940年期间因反革命罪受司法机关和非司法机关审判的中高级军官为9519人。
地方党政机关也被镇压浪潮席卷。在俄罗斯联邦，90%的州党委和州执委委员遭镇压。列宁格勒的党、苏维埃和经济领导骨干几乎全部被消灭了。1935～1940年间在列宁格勒有68088人被镇压。[143]在绝大多数自治共和国、边疆区、州和市、区，有2/3的党政领导人遭到逮捕。
一般的党员也遭清洗镇压。1937～1938年受迫害的党员共达116885人，占党员总数的1/9。[144]这里指的是被逮捕时仍是党员的人数，如果把曾是党员的人也算进去，数目就要大得多。
一些仍留在工作岗位上的领导人的亲人也遭到逮捕，如加里宁的妻子，奥尔忠尼启则的哥哥，卡冈诺维奇的两个弟弟，什维尔尼克的独生女儿。不知斯大林为什么要这样做，是否要想通过这件事来考验或威胁他的下属。
对各民族共和国党政干部的被镇压
乌克兰受到沉重打击。1937年8月，莫洛托夫和赫鲁晓夫到基辅，要求乌克兰党中央对其中央书记柯秀尔、人民委员会主席П.П.柳布琴科、苏联中央执行委员会主席团成员Г.И.彼得罗夫斯基投不信任票，选举赫鲁晓夫为中央书记，遭到乌克兰党中央拒绝。后来，莫洛托夫提出邀请乌克兰全体党中央委员和候补委员102人到莫斯科讨论此事。柳布琴科预感后果的严重，并担心自己的家属也会遭迫害，他先打死妻子和儿子，然后自杀身亡。其他人去了莫斯科，最后只有彼得罗夫斯基等3人活了下来。[145]1938年1月，赫鲁晓夫出任乌克兰党中央第一书记。在1938～1940年间，在乌克兰有167565人被逮捕。[146]
在白俄罗斯，马林科夫和叶若夫编造谎言，说那里存在一个以党政领导人为首的反苏地下组织。这使白俄罗斯的领导人几乎全部被逮捕镇压。白俄罗斯党中央书记、人民委员会主席Н.М.戈洛杰德，白俄罗斯党中央常务局委员А.Г.切尔维亚科夫等被杀害。白俄罗斯党组织人数减少一半。[147]
高加索的三个共和国的众多领导人遭到迫害。外高加索联邦人民委员会主席、苏联中央执行委员会主席团成员、共产国际执委会委员Г.М.穆萨别科夫遭杀害。亚美尼亚党中央第一书记А.汉姜，中央书记С.斯拉比奥尼扬（卢卡申）、А.约尼扬、Г.奥弗谢比扬和А.科斯达尼扬，人民委员会主席С.М.捷尔-加布里耶梁，亚美尼亚中央执行委员会主席С.马尔蒂基扬被镇压。阿塞拜疆党中央书记Р.А.阿洪多夫、人民委员会主席古塞恩·拉赫曼诺夫、苏联中央执行委员会主席团成员С.М.埃芬季耶夫遭杀害。在格鲁吉亚，外高加索布尔什维克党组织创始人之一、长期担任联共（布）外高加索边疆区委第一书记的М.Д.奥拉赫拉什维利，格鲁吉亚党中央书记和外高加索边疆区委书记、格鲁吉亚人民委员会主席Л.И.拉夫连季耶夫（卡尔特韦利什维利）等人被处死。1937年召开的格鲁吉亚第十次党代表大会共有644名代表，不久以后有425人被逮捕或处死。[148]
中亚共和国受到的清洗更是惊人。1937年哈萨克党中央常务局的成员无一例外地被逮捕处决。牺牲的有中央书记Л.И.米尔佐扬、С.努尔皮伊索夫，人民委员会主席У.Д.伊萨耶夫，苏联中央执行委员会主席团成员У.库鲁姆别托夫等人。
土库曼党中央书记Т.А.穆哈默多夫和Я.А.波波克，人民委员会主席К.阿塔巴耶夫，苏联中央执行委员会主席团成员Н.艾塔科夫等人被镇压。只有120多万人口的土库曼在1937年8月到1938年11月共有15660人被判刑，其中5008人被处决。[149]
乌兹别克党中央第一书记А.И.伊克拉莫夫，人民委员会主席Ф.霍贾耶夫被处决。1937～1939年间，在乌兹别克有4.1万人被逮捕，6920人被处死。
吉尔吉斯党中央第一书记М.К.阿姆莫索夫、第二书记М.Л.别洛茨基、监察委员会主席Д.С.萨达耶夫等人被处死。
在塔吉克共和国，内务部揭露了一个反革命的资产阶级民族主义组织，说它与托洛茨基中心、伊朗、阿富汗、日本、英国和德国有联系。这个组织的领导有塔吉克党中央书记Ю.阿舒罗夫和А.弗罗洛夫，人民委员会主席А.Р.拉希姆巴耶夫和12名人民委员，苏联中央执行委员会主席团成员С.绍捷莫利，以及塔吉克党中央几乎所有各部的部长和18名区委书记。[150]
仅1937年，中亚地区基层党组织干部的55.7%、区党委干部的78.8%被清洗。[151]
在俄罗斯联邦的各自治共和国和自治州的党政干部普遍遭迫害。卡累利阿、鞑靼、卡巴尔达—巴尔卡尔、马里、科米自治共和国以及犹太自治州的党委书记、人民委员会主席均被逮捕处死。北奥塞梯自治州的11名州党委成员中有9人被捕。
叶若夫根据斯大林的个人指令，于1937年7月25日签署了第00439号命令，要求各地方机关在5天内逮捕所有在军事工厂和铁路运输部门工作的日耳曼人。1937年8月到1938年11月，即远在德国进攻苏联之前，4.2万日耳曼人被处死。
在1937年8月25日到1938年11月15日的反民族主义分子战役中，两人小组和特别三人小组共审理了335513人的案件，其中247157被判处枪决。[152]
对科技文化工作者的镇压
斯大林的农业政策引发了众多严重问题，生物学界也因此受牵连。特·杰·李森科等人曲意迎合政治需要，不断高升，而诚实的生物学家因同他们的学术观点不同而备受打击。农业科学研究院第一任院长Н.И.瓦维洛夫是世界著名的育种学家、遗传学家。他搜集了世界各地的5万个野生植物标本和3万多个小麦样品，带回苏联进行遗传学研究，取得重大成果，1926年获得列宁奖金，却于1940年无辜被捕，1943年死于狱中。农业科学研究院院长亚·伊·穆拉洛夫，以及棉花、畜牧、农业化学、植物保护等研究所的领导人都遭镇压。更多的生物学家被逮捕流放。植物学家А.А.米歇耶夫在克累马河集中营[153]被毒打致死。著名的外科医生К.Х.科赫教授也关在克累马河集中营，因没有完成开采黄金的定额被枪决。
国防工业的许多科学家受到迫害。坦克设计师В.И.扎斯拉夫斯基，无后坐力炮发明者Л·库尔切夫斯基等众多军械武器设计师遭诬陷被处决。著名的飞机设计师А.Н.图波列夫于1937年10月21日被逮捕，被指控参加“俄国法西斯党”，进行破坏活动。同年，被逮捕的还有第一批火箭发动机的研制者——火箭科学研究所所长伊·帖·克列伊梅诺夫，他的助手、“喀秋莎”火箭炮的发明人Г.Э.朗格马克，以及В.П.格卢什科。他们的罪名是在火箭科学研究所内建立“反革命组织”。由于被逮捕的工程师非常之多，政府不得不将他们集中关在一个特别监狱中，继续进行各种武器的设计开发工作。早在1929年就在布特尔监狱内设立了内部监狱设计局，为首的是著名的飞机设计师Н.Н.波利卡尔波夫和Д.П.格里戈罗维奇。设计局后来迁到霍德飞机场地区，改名为中央设计局——第三十九号。后来又陆续设立了多个监狱设计局，其中比较有名的是中央设计局——第二十九号，一般称为图波列夫囚徒设计所。在那里工作过的有6名科学院院士（谢·帕·科罗廖夫、尤·阿·克鲁特科夫、亚·伊·涅克拉索夫、鲍·谢·斯捷奇金、尤·鲍·鲁麦尔、安·尼·图波列夫），17名总设计师，12名教授和科学博士，将近200名囚徒科学家。[154]火箭专家С.П.科罗廖夫于1937年被捕，次年6月被判刑，在克累马河黄金矿当苦力，后调到中央设计局——第二十九号。1944年被减刑提前释放。他后来成为苏联火箭总设计师，把世界第一颗人造卫星送上太空。
白俄罗斯科学院院长И.З.舒尔特被镇压。领头的物理学家如伊·叶·塔姆、В.А.福克等遭诽谤，被指责为“唯心主义者”和“敌对思想的走私犯”。出色的理论物理学家М.П.布朗施坦也遭到镇压。苏联科学院通讯院士尼·米·费多罗夫斯基于1937年被逮捕判刑，他是实用矿物学的创始人之一，负责组建和领导矿物科学研究所。
各厂矿、企业、工地、铁路成千上万的领导人和工程师被逮捕、判刑、处死。全国瞩目的第聂伯河水电站工程、库兹涅茨克工程的领导人瓦·米·米哈伊洛夫和谢·米·弗兰克福特被镇压。荣获各种勋章的马格尼托格尔斯克联合企业的经理Е.С.古戈列，车里雅宾斯克联合企业的负责人В.А.雅可夫列夫，马克耶夫卡联合企业的经理Г.В.格瓦哈里亚被逮捕处死。重工业部掌握着200家大型机器制造厂，这些厂长几乎全部先后被逮捕，其中哈尔科夫拖拉机厂、斯大林格勒拖拉机厂、罗斯托夫农机厂、高尔基汽车厂、乌拉尔汽车厂、基洛夫（原普梯洛夫）机器制造厂等工厂的厂长被处死。克拉斯诺亚尔斯克机车车辆制造厂在1937～1938两年中，从事行政技术工作的人员差不多全部被消灭了。遭镇压的有工厂的总机械师、计划生产科长、各车间主任。各铁路局的局长也几乎都遭镇压。[155]
社会科学领域的许多专家遭到专横的批判后，又被逮捕判刑。红色教授学院院长В.Г.克诺林、马恩列研究院副院长弗·哥·索林、基辅语言学院院长Н.М.西雅克、解出通古斯象形字的语言学家Н.А.涅夫斯基以及曾每周两次给斯大林讲哲学课的扬·斯特恩等人均被镇压。更多的历史学、哲学、经济学、语言学、教育学家被逮捕，不少人死于监狱或集中营中。哲学家Л.П.卡尔萨温死于集中营。[156]
1930年代被逮捕的作家有600多人，占作家协会成员的1/3。著名的作家波·安·皮利尼亚克、加·谢列布里娅科娃、伊·埃·巴别利；诗人奥·曼德尔施塔姆遇害。戏剧导演弗·埃·迈耶尔赫里德死于狱中。各少数民族的文艺家普遍受到迫害。[157]
对国际共产主义运动领导人和外国侨民的镇压
斯大林对共产国际及其派生的组织——青年共产国际、红色工会国际、国际工人救援委员会都进行了清洗。共产国际执委会书记И.А.皮亚特尼茨基于1939年被处死。
在本国处于非法状态的奥地利、匈牙利、德国、拉脱维亚、立陶宛、波兰、罗马尼亚、芬兰、爱沙尼亚、南斯拉夫等国的共产党领导人受害尤深。1919年匈牙利苏维埃共和国的12名人民委员，其中包括匈牙利共产党创建人库恩·贝拉都被杀害。匈牙利共产党中央书记居什奈尔·卡尔菲加利波维奇被捕后，死于集中营。1938年，波兰共产党被指控其领导机关为间谍所渗入，被第三国际解散。在苏联的波兰共产党员几乎全部被抓。波兰共产党中央总书记尤·伦斯基-列什琴斯基，中央领导成员爱·普罗赫尼亚克、玛·柯秀茨卡、阿·瓦尔斯基、耶·伦格等在苏联被处决。德国共产党领导成员Г.列梅克、Х.埃别尔莱恩、Г.诺伊曼，希腊共产党总书记А.孔塔斯，南斯拉夫共产党领导成员М.戈尔基奇、В.乔皮奇、М.菲利波维奇，芬兰共产党领导成员А.绍特曼、Г.罗维奥被镇压。爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛共产党的领导人在苏联指导他们党的活动，1930年代遭逮捕遇害。[158]
1937年8月11日，叶若夫下达第00485号命令，要求逮捕“（1）在审讯过程中被查明和根据所附的名单至今未被找到的最积极的‘波兰军事组织’成员；（2）所有留在苏联的波兰军队的战俘；（3）从波兰来的投敌分子，不取决于他们转入苏联的时间；（4）从波兰来的政治侨民和政治交换人员；（5）原波兰社会党党员和波兰其他反苏维埃政治党派的人员；（6）波兰地区各地防范苏维埃民族主义分子中最积极的那部分人员”。[159]
1937年10月23日，叶若夫签署第00693号命令，强调外国谍报机关的代理人打着政治避难的旗号进入苏联，因此“对于一切投诚分子，无论其进入我们境内的动机和情况如何，一律立即逮捕”，并交付审判。[160]这样一来，为了躲避迫害而来的兄弟党干部，为了寻求更好生活而来的外国劳动者都遭逮捕。1938年4月12日，《莫斯科报》[161]发表社论，说“居住在国外的每一名德国公民都是盖世太保的代理人”。这一观点代表了官方的想法。当时在苏联的德国共产党员，70%以上被逮捕。[162]
在苏联的中国共产党人和侨民也遭到迫害镇压。十月革命前，在俄罗斯大概有50万中国人，他们大多数是在第一次世界大战期间被招募去从事后方工作的。[163]还有很多中国共产党人在共产国际工作，在中山大学、东方劳动者共产主义大学学习。1927年中国北洋政府搜查苏联大使馆，两国关系紧张。斯大林下令逮捕在莫斯科的中国人；1930年代，进而迫害中国共产党人。曾任中共中央政治局委员的李立三，于1935年作为中共代表参加共产国际第七次代表大会，但于1938年2月23日被逮捕。苏联军事审判厅指控他为反革命托洛茨基分子、日本间谍、恐怖集团首脑。[164]1938年，爆发了大规模迫害中国侨民的浪潮。在海参崴，“内务人民委员部机关人员根本连证件都不询问，就可以在大街上、公共汽车上抓中国人，他们从整幢整幢的简易房里逮捕工人，包括妇女和年幼儿童”。在共产国际机关工作和在苏联各大学学习的差不多所有的中国同志都遭逮捕。[165]