如前所述，户口制度是大明王朝一切制度的基础。黄册制度承担着“维系职业世袭制，防止百姓自由迁徙，保证国家税收”的三重重要使命。所以朱元璋对这个制度异常重视。这从黄册制度的严苛规定中一目了然。
黄册的规格有严格要求，用纸必须是上等厚绵纸，不得染色或漂白。长宽各为一尺二寸，不得丝毫有误。必须用正楷书写，字体大小、行间距都有明确标准。每一页如果有一个字写错，就必须整页重抄，不得涂抹挖补。装订也有统一标准：必须用粗牢的绵线装订，可以少量使用浆糊，但浆糊中必须加入椒末等杀虫药来防蛀。
黄册制度是层层上报制，每次造册时，都由每家每户按官府要求的格式和内容，在“供单”上详细填写自己家在这十年内的人口、财产变化。各州县的主官须亲自审查黄册造办是否真实，每一项与供单记载是否完全相符，然后还要在黄册上签名画押，以示负责。然后将黄册交送到府里。府里同样按这个程序审查一遍，编成本府的总册，签名画押用印后送到本省的布政使司（明清两代的地方行政机关）。布政使司审查后，再编成本省的总册，送交户部（掌管户籍财经的机关）。最后由户部将全国人口、财产情况汇总，送交皇帝御览。（《后湖志》卷四）每到新册入库之年，明政府都要从国子监调来一千二百名监生，在御史等政府官员的带领下，进行“查册”工作。“定取国子监监生一千二百名，以旧册对比新册奸弊。”（《后湖志》卷十）通过以上叙述，我们可以发现，朱元璋为黄册制度，可以说是费尽心血。在他的设计中，这一制度要和他所设立的其他大纲大法一道，作为不可动摇的“祖制”，垂之万世，保证大明王朝的长治久安。而在高压政策、精密组织以及朱元璋高素质的干部队伍合力之下，洪武年间的黄册制度确实运行得极好。通过这样严格的程度，全国的人口信息，十年一次全部汇送到南京。这一时期的黄册制度基本上达到了信息真实，数字准确，因此确实起到了平均赋役的良好作用。这本是朱元璋建立黄册制度的初衷之一。
朱元璋对自己给子孙后代留下的“祖制”，是十分自信的。他认为经过自己这颗超级大脑几十年日夜不停的思考，这些“祖制”已经达到尽善尽美的程度，没有改进的余地了。他不放心后代们的智力水平，所以一再强调，他留下的这些规矩，一个字也不许改。他嘱咐后代们“钦承朕命，勿作聪明，乱我已成之法，一字不可改易”（《实录》卷八十二）。他要求“以后嗣君，并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑”（余继登《典故纪闻》卷五）。
那么，这个“祖制”，被他的子孙后代们执行得怎么样呢？
几乎明代每一个皇帝都要反复强调自己对祖训的恪守之诚。如明宣宗就说：“朕祗奉祖宗成法，诸司事有疑碍而奏请者，必命考旧典。盖皇曾祖肇建国家，皇祖考相承，法制详备。况历涉世务，练达人情，谋虑深远，子孙遵而行之，犹恐未至。世之作聪明，乱旧章，驯致败亡，往往多有可鉴。”
而明代臣民一提起祖训，更是神魂飞越，推崇得无以复加，崇拜得一塌糊涂。天启间潘孔壁的说法就很有代表性：
太祖……创制立法，至精大备，明明典则，贻厥子孙……真万代之龟鉴。列圣相承，二百四十七年以来，海内晏如……实我皇祖德泽，法度缠绵而巩固之……我皇祖经世大法，该而核，简而要矣！
在这样强大的恪守祖训的政治传统之下，表面上看，黄册制度一直运行下来，而且规矩依然森严。黄册库初建时，只是在湖中的旧洲岛上建有少量库房。随着黄册每十年一造，每次汇送户部约六万册，新旧并存，册库也每十年增建约三十间。所以后湖中的册库与黄册，逐渐增多，布满了旧洲、新洲、中洲等各岛。
洪武二十四年（公元1391年）有册库34间黄册五万余本。万历三十年，增长到667间。到明朝灭亡前夕，后湖共收贮黄册达一百七十九万余本。正如后湖管册官、南京户部主事计宗道在一首诗中所形容的：“九州图籍归天府，万载珍藏亦富哉。”这样巨大的规模，在当时世界上是罕见的。
自明洪武十四年（公元1381年）起，至清兵攻陷南京，黄册库的工作前后二百六十多年从未间断。不论从它保管整理的档案的数量和文件利用的频繁程度，还是从它本身各种规定严密的工作制度，后湖黄册库都是当时世界上最伟大的档案馆之一。
但事实上，明代中后期，黄册制度其实只剩下了空壳。
“祖训”远没有朱元璋所说的那样尽善尽美。某些朱元璋制造的“土法上马”又异常强大的政治机器，只有他这样的政治强人才能开动得起来，而他的后世子孙们根本没有那样的精神力量去操纵。于是，虽然人们仍然要保留祖制的外壳，不敢稍稍触动，但形势的变化使得这个外壳已经毫无意义。
“祖制”演变成一具可怕的政治僵尸。黄册制度就是这样。明代中后期，黄册制度已经演变成了一个可笑的政治笑话。
首先，库内的黄册数量虽然迅速增加，但质量已经大大下降，甚至徒有其表而已。
朱元璋制定的明确而严格的黄册制造质量标准在洪武、永乐年间得到了贯彻。这两朝的黄册后来被人称为“铜版册”，就是说它坚固厚实，有如铜版。然而明代中期之后，各地造黄册，已经不再遵守原来的规定。嘉靖三年，南京吏科给事中彭汝实这样说：
各库黄册式样大小不一，中间全损亦殊。大抵体裁最阔大者多损，体裁稍窄小者多全。盖惟阔大则翻阅既难，晒晾不便，收藏搬运之际，亦未免于损破矣。（《后湖志》卷十）朱元璋规定必须使用厚实白绵纸造册，然而明中期以后，许多地方为贪污经费，专门以脆薄的劣质纸张造册。更有许多在造黄册时动了大量手脚的底层官员为了毁灭罪证，特意使用容易被虫蛀的上过粉的纸来造册，装订时又违反规定，使用大量面制浆糊。这样，黄册送到后湖之后，不久就会被蛀蚀一空。
这一着很奏效，明代中期之后，后湖黄册库经常发生黄册“通架蛀光”的情况。弘治三年（公元1490年），黄册库共有七十九万二千九百余册，但其中壳面不存，不同程度被虫蛀或腐烂的已达六十四万七千三百册之多，占81%以上。（《后湖志》卷九，《为补造虫蛀黄册以备清查事题本》）不但用纸严重违反规定，内容也越来越敷衍塞责。朱元璋本来要求是正楷，后来却普遍是“字迹潦草，行款参差”。
这种状况所反映的，绝不仅仅是基层胥吏们的贪赃枉法，更反映出官僚体系整体的败坏。否则，如此明显的不合呈式之处，各级负责审核的官员何以不能发现？后湖收册官员何以竟能接收？
黄册外表的走样还不是最可怕的，可怕的是黄册内容的严重不实。
按理说，随着时间的推移，经济的发展，人口的上升，明朝总的田地量应该逐渐增长。然而在黄册中的记载，却恰好相反——实际负担田赋税粮的田地愈来愈少。洪武二十四年（公元1391年），黄册记载全国的土田总额为八百多万顷。到了弘治十五年（公元1502年），在黄册上登戴的全国土田总额只剩有四百二十九万二千三百一十顷零七十五亩，一百十一年间，全国土田居然减少了一半。（《后湖志》卷二）与此相同，明代的人口数，居然也是逐渐下降的。嘉靖八年（公元年）六月，霍韬在修《大明会典》前夕就提出了这个问题。他在给皇帝的奏章中写道：“洪武初年，户一千六十五万有奇，口六千五十四万有奇。时甫脱战争，户口凋残，其寡宜也。弘治四年，则承平久矣，户口繁矣。乃户仅九百一十一万，视初年减一百五十四万矣；口仅五千三百二十八万，视初年减七百一十六万矣。”（《世宗嘉靖实录》卷一〇二）也就是说，洪武二十六年（公元1393年）根据黄册户口数字的统计，人口已经达到六千零五十四万五千八百一十二人。但到弘治四年（公元年）造册时的户口数目，人口反减至五千三百二十八万一千一百五十八（万历《明会典》卷九，《户口总数》）。按理，洪武年间兵革初息，弘治时则承平百年，加上贵州等边远地区都已经开始纳入户口统计，不可能出现这种情况。这只能说明黄册制度已经失去效用。
朱元璋制定黄册制度的目的之一，是使富户多承担赋税，从而减轻贫困家庭的负担，所以他将普通百姓为分“三等九则”。关于上、中、下户等的划分，因各地情况不同而有所差别。富户除了正常税赋外，还要承担协助政府收税等任务，贫户的负担则十分轻减。
但是到了明代中期之后，实际情形完全颠倒过来。基层官员们通过造册，大量营私舞弊，他们不按照实际情况录入人口、田产信息，通过转嫁，造成了穷人多交税役，富人逃避税役的现实。有实力能钻营的富户，在黄册上都被列为了“下则”贫户，而一些贫户却被无端编在了“上则”和“中则”之中。史学家顾炎武就说：
夫审户者，原以分别贫富当差，为贫者便。而今曹邑数十年来，豪强户尽行花诡，尽逃上则；下户穷民置数十亩之地，从实开报，反蒙并户。县官耳目不及周至，贫者并，富者除，往往皆然……卑县（万历）三十三年到任之初，犹执前定户则以拘头役，其间家无寸土，糊口不足，叫号吁天者，比册中所戴中等户则也；其所称下下户者，皆富厚之家所支分节派而来也……（《天下郡国利病书》卷三九）朱元璋制定黄册制度，另一个重要目的是维持户口分类制度，防止人口自由流动。到明中期之后，这两个目标都完全落空了。
永乐二年，左都御史陈瑛说：“以天下通计人民不下一千万户，官军不下二百万家。”
然而到了正统五年，明朝控制力下降后，军户逃亡者居然达一百二十万人（《正统皇帝实录》）。卫所士兵远远不及规定，有的只有一半，有的不到十之二三（《大学衍义补》卷一一七，《严武备》）。
更为严重的是，普通民户也开始大量逃亡。
宣德时期（公元1426-1435年），江南太仓县的情况是：
忱（指周忱，时为江南巡抚）尝以太仓一城之户口考之，洪武年间见丁授田十六亩，二十四年（公元1393年）黄册原额六十七里，八千九百八十六户；今宣德七年（公元1432年）造册，止有一十里一千五百六十九户。实又止有见户七百三十八户，其余又皆逃绝虚报之数。（周忱《与行在户部诸公书》）隆庆时期（公元1567-1572年），福建省福宁州的情况是：
吾州之籍，自嘉靖以视洪武，户减三之二，口减五之三。自今以视嘉靖，不能加其什一。（《天下郡国利病书》卷九十二，《福宁州志》）万历时期（公元1573-1620年），江南应天府的情况是：
……（应天府）图籍，嘉靖末年户口尚及正德之半，而今才及五分之一……（同上书，卷十四，江南二，应天府）这几个例子可见明中晚期民户逃亡之普遍。这种情况下，里甲制度也维持不下去了。大多数地区“里甲寥落，户口萧条”（《陕西通志》卷八十六，《备陈灾变疏》），“里无完甲”（《皇明诏令》卷二十）。
嘉靖时期，江南某些地区，“有一里仅存四五甲者，有一甲止存一二口者”（《天下郡国利病书》卷三十三）。
明末陕西的情况，“有一里一百一十户内，止存十余户者，有一甲十一户内，止存十余丁者，有数甲全逃者”（《皇明经世文编》卷一〇五，议复陕西事宜疏）。
由于这种情况，人们开始称黄册为“伪册”：
国初田粮皆有定数；自洪武以来，凡几造黄册矣，然今之粮皆洪武初年之粮，而今之田则十二三耗，非拱武矣……又况猾民作奸，乃有飞洒、诡寄、虚悬诸弊，故无田之家而册乃有田，有田之家册乃无田，其轻重多寡，皆非的数；名为黄册，实为伪册也。（《天下郡国利病书》卷八十六）
这个时期的黄册，早已完全丧失了管理户口和合理征收赋役的作用。
每见十年大造，费民间无限金钱，不过置之高阁。（《皇朝经世文编》卷二十九）官府每当奉命造册的时候，照例是一再拖延，直到拖无可拖时便敷衍塞责，照抄旧册，一字不改，“天下大造黄册，率皆誊写旧本，无一实数”（《后湖志》卷十）。后湖黄册库人员把有些地区送解来的新册与上次旧册查对，竟发现在丁口、事产、开除、实在各个方面，新旧两册完全相同，也有一些在新黄册中仍然登记的人户，其实早在一百数十年前便已全户死绝，在历届黄册内也注明是绝户，但每年还是要照抄一遍，下注“绝户，事产俱无”。不敢把这些户从册籍上勾除掉，为的是怕被后湖黄册库查驳。
更滑稽的是，有些地区的黄册上所记的人丁不少是年达百岁以上的。
据计算，万历十一年（公元1582年），仅扬州府兴化县一县之内，即有百岁以上人口的户达三千七百余户之多，每户往往又有这样的老人一二人甚至多人，其中有人无产的又有二千九百余户（《后湖志》卷十）。这种怪事，显然是由于造册人员一味抄誊旧册，每次普遍递加十岁而造成的。清初顺治十三年（公元1656年），户部尚书孙廷经还向顺治帝报告过，明末有些黄册所开人户姓名及其事产，仍然是明初洪武年间的姓名和数目。
既然黄册已逐渐丧失价值，于是就出现了一套专供州县衙门实际应用，而又不往上报的册籍，当时叫实征文册，或叫实征黄册，也有叫做白册的。
《古今图书集成》就当时的情况说：
所谓黄册，只取应虚文，非其实矣。有司征税编摇，自为一册，曰白册。（《户口总编》卷十八）最后，明王朝不得不以一条鞭法[1]在全国范围内取代了黄册制度。随着一条鞭法的实行，黄册制度本可以寿终正寝，但在“祖宗旧制”的威力之下，黄册每年依然按照旧例层层编造上送。黄册制度不再有任何积极意义，剩下的完全是弊端和祸害。它从编造、申解、保管、查驳到补造这一系列过程，也就退化成一个彻底的反复科敛舞弊的过程。
明朝灭亡之后，弘光小朝廷终于发现了黄册的用处：他们把这些档案用做了造甲和火药的原料。
这一发现并没有挽救南明政权。清军大举南下，轻而易举地攻占了南京。他们带着浓厚的好奇心，参观了这个充满传说的黄册库。他们惊讶地发现，尽管明朝在崇祯十七年就灭亡了，但黄册库中最后记载的，居然是崇祯二十四年的户口人丁数字。原来这是崇祯十五年最后一次编造的黄册中，各地官员为了省事预造出来的。这成了人们叹息明朝的一个最好例证。
曾经是人类历史上最大档案馆的黄册库至此灰飞烟灭，以致后世学者要研究这一著名制度时，几乎找不到一本存世的黄册。而2010年初我慕名去玄武湖参观“黄册库旧址”时，发现那里只有一栋现代的粗糙的钢筋混凝土仿古小楼，里面陈列了几张质量很差的史料图片而已。
[1]
一条鞭法：将原来的田赋、徭役和杂税合并起来，折成银两，分摊到田亩上。